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一般都是用的word在写论文，但是也有些在用zotero，可以帮助你管理文献，按学校要求的规定格式生成reference和bibliography，能在chorme浏览器和word加插件，非常方便。也可以用MathType，它是强大的数学公式编辑器，与常见的文字处理软件和演示程序配合使用。还可以用NoteExpress，它 是国内最专业的文献检索与管理系统，完全支持中文，NoteExpress 可以帮助您通过各种方途径高效，自动的搜索(含互联网)，下载，管理文献资料和研究论文。
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有很多啊，不过我一般用PaperPP，感觉还可以，基本都免费。
知网和很多学校都有合作，知网也会给学生提供几次免费查重的机会，但是只限于使用的前几次，之后可能就要付费了，现在完全免费的查重软件很少，如果你要频繁地查重地话，建议你还是要交一些钱，应该也不会话很多的。
常用办公软件WORD,金山WPS都可以。供参考！
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这个东西应该下载一个专用软件，然后每天阅读几篇，然后记录都抄写上去。