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论文查重是会包括毕业论文的摘要部分的，但是并不会包括参考文献部分，因为参考文献都是引用了别人的题目，重复率肯定是比较高的。
毕业论文查重还要看学校要求，有的学校是全部都提交，不过，参考文献是不参加查重的，查重系统自动识别参考文献并跳过，但如果参考文献格式不对，查重系统会当做正文进行查重并误判抄袭。
毕业论文查重时是需要提供一本完整的论文，格式为PDF版，所以当然要提交文献了，但是查重系统是不会查此部分的，但是参考文献格式一定要对。
①参考文献，是毕业论文最后边不可缺少的一部分。②查重，是根据你论文正文的内容，与论文库进行对比，得到重复的比例。结论：论文中必须要有参考文献部分，查重查的是你正文的内容。100个人引用的同一篇参考文献，除了序号不一样，标识符比如『期刊论文』、题目可能都一样，但是不计入重复比例。
要看你索引的字数以及你们学校的规定。索引的字数不要太多，最好不要大段大段的引用，而且也得看你们学校的规定，有的学校查重的时候只看抄袭率，有时你引用自己的也算抄袭，的确很无奈。有的学校查重的时候会看你引文的出处，如果有出处，那么就不算了。所以最关键的还是要看学校会“怎么办”。当然，你最后查重用的是知网而不是万方，所以万方就算查重是0%也没有什么权威性，因为二者的差距还是比较大的，所以我建议你用知网CNKI去查重，这样比较保险。更重要的是，知网查重时很少会根据你的参考文献而去排除你抄袭的引文，也就是说，你所引用的文字，在知网上还是算重复率的，所以你要么少引用，要么把引用的加以修改~
论文查重摘要和文献参考的话也是查重的内容，但是所占用的比例不是很大，比较小，不要过于担心哦。希望我的回答对你有帮助，欢迎采纳我的回答，谢谢
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
论文查重不算是参考文献，因为参考文献是你在写论文的过程当中参考其中的一些论据，但是论文查重只是用来查找你论文的重复率是多少，一般重复率过高的话是不能通过论文答辩的。
论文查重是会所有会籍网上现有的文献，然后进行查程序对比。超过一定比例的话，你论文可能需要重写。
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
正规毕业论文查重是不包括参考文献的，参考文献并不在毕业论文查重范畴内。可是毕业论文查重并不能够识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被毕业论文查重识别出来，这也就意味着只有参考文献的格式规范且正确的时候，毕业论文查重才会将该部分参考文献排除出查。
一般是不需要的，需要注意的是在用查重系统时，你可以用万方查重啊，他们家拥有海量的数据进行科学对比，感觉还是很好的。
论文查重的内容主要包括了论文的正文原创说明，摘要，图标以及公式说明，参考文献附录实验研究成果以及各种表格等
很多系统检测的都是正文，摘要，致谢部分，非正文部分包括参考文献是不参与检测的。但是你可以一起放进去，也是不会检测的，没有影响的。
毕业论文查重的基本流程是什么？论文查重是一项系统性很强的工作，涉及到各个管理环节，要顺利通过分析检验，就必须做好学生的准备，了解国内的具体应对策略和操作
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
以知网为例，知网查重是不包括参考文献的，参考文献并不在知网查重范围内。可是知网查重并不能识别全部的参考文献，只有符合格式的参考文献才会被知网识别出来，这也就意味和只有参考文献的格式规范且正确的时候，知网才会将该部分参考文献排除出查重范畴，所以只要格式正确规范，那么本科毕业论文查重就不会包括参考文献。
论文查重摘要和文献参考的话也是查重的内容，但是所占用的比例不是很大，比较小，不要过于担心哦。希望我的回答对你有帮助，欢迎采纳我的回答，谢谢