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中科院自己划的。先是按学科，再按影响因子排列划分。SCI是美国《科学引文索引》的英文简称，[1]其全称为：Science Citation Index,，创刊于1961年，它是根据现代情报学家加菲尔德(Engene Garfield) 1953年提出的引文思想而创立的。时至今日加菲尔德仍是SCI主编之一。SCI是由ISI( Institute for Scientific Information I)美国科学情报所出版。现为双月刊。ISI除了出版SCI外，还有联机型据SCISEARCH。ISTP(Index to Scientific &Technical Proceeding)也由其出版。SCI是一部国际性索引，包括有：自然科学、生物、医学、农业、技术和行为科学等，主要侧重基础科学。所选用的刊物来源于94个类、40多个国家、50多种文字，这些国家主要有美国、英国、荷兰、德国、俄罗斯、法国、日本、加拿大等，也收录一定数量的中国刊物。SCI索引对科技工作者查阅最新文献、跟踪国际学术前沿、科研立项以及在具体的课题研究时及时了解国际动态都有很大帮助。
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中科院自己划的。先是按学科，再按影响因子排列划分。SCI是美国《科学引文索引》的英文简称，[1]其全称为：Science Citation Index,，创刊于1961年，它是根据现代情报学家加菲尔德(Engene Garfield) 1953年提出的引文思想而创立的。时至今日加菲尔德仍是SCI主编之一。SCI是由ISI( Institute for Scientific Information I)美国科学情报所出版。现为双月刊。ISI除了出版SCI外，还有联机型据SCISEARCH。ISTP(Index to Scientific &Technical Proceeding)也由其出版。SCI是一部国际性索引，包括有：自然科学、生物、医学、农业、技术和行为科学等，主要侧重基础科学。所选用的刊物来源于94个类、40多个国家、50多种文字，这些国家主要有美国、英国、荷兰、德国、俄罗斯、法国、日本、加拿大等，也收录一定数量的中国刊物。SCI索引对科技工作者查阅最新文献、跟踪国际学术前沿、科研立项以及在具体的课题研究时及时了解国际动态都有很大帮助。
因为JCR是Q4均分法，也就是按照25%一栏的分区方式。而中科院分区不一样，他采用的是大类套小类的分区方式，先分大区，然后再看小区，突出一个顶端优势。每个大类前5%的期刊设定为一区期刊，同时为了增加TOP期刊的容量，一区期刊都是TOP。而二区期刊不仅仅要看影响因子，还要看引用频次，在小区内的影响力，所以即便影响因子高，也未必是TOP（引用频较高的前10%的期刊，会被列为TOP）。附上中科院期刊分类说明：_shtml
中科院期刊分区依据也是基于一个期刊的影响因子，具体方法：根据13个大类学科，分别将各大类的SCI期刊由3年平均影响因子划分为1区(最高区)、2区、3区和4区四个等级。中科院分区的1区到4区的期刊数量不等，呈金字塔状分布。前5%为该类1区、6%～20% 为2区、21%～50%为3区，其余为4区。 除大类分区以外，中科院也参照汤森路透JCR 分区一样，把期刊分为176个具体学科，就是指的小类学科。 参照大类同样的算法对小类学科区分 3 4区 于是这就出现了前面讲的问题，一本期刊按中科院分区标准，在大类分区和小类分区不一致的情况。
无论是哪一类分区，sci期刊都是划分为四个区，都是按照影响因子高低进行的划分，影响因子由一区至四区递减，一区最高，四区最低，所以，sci期刊中一区期刊学术价值和影响力是最大的，四区期刊在sci期刊中就是综合实力最弱的期刊。 对于作者来说，期刊分区越高，期刊的发表难度越大，一区期刊必然比四区期刊难以发表，一般普通作者很难发表一区期刊，能发表二区期刊对于国内作者来说就已经实属不易了，三区四区相对容易一些，但也只是相对于一区二区期刊，即便是四区期刊，也比国内核心期刊的发表难度高出不少。
不一样的：中科院是中国中科院制定的，JCR是英加合资跨国集团Thomson Reuters 公司制定的分区（汤森路透分区）；两个分区制作者都有点弱智，汤森路透它平均切成四块，每块25%；中科院自以为聪明，一区：前5%；二区：6%~20%；三区：21%~50%；四区：51%~100%。其实这俩都不太科学。你们上学评优，有没有遇到过25%得优，或者5%得优；还有中科院居然把一半归为四区差不多下等了，大家想想就知道这两个都不合理对不对？比较正常的，10%优等一区；20%上等二区；30%中等三区；剩余40%四区可归到不太上手的那部分；其实中等在现实中占大多数，所以还可以在30%基础上再加一点而四区的40%可以减少一点都没问题。其他信息网上都有，我就不废话了，大家觉得我的建议合理的话左下角支持一下，谢谢！
虽然是两个概念，但是还是有一定联系的，中科院的分区参考了JCR的分区标准(都是基于索引数据)，但是中科院的分区比JCR的分区更严格一些。