自考生的学籍档案应该放在自考生本人的人事档案中，存在你地方的人事档案局。由于自考是社会性考试，考试机构只负责自考生的学籍管理，不负责自考生的人事档案管理。所有自考生从注册报考当天起，就在市自考考试办的相关系统中自动生成学籍档案，只要建立起，就长期有效。
自考生在取得毕业证书时，市自考办会把你的自考毕业证书和与学籍档案材料一起发到考生手中，考生要自己存放自己的学籍档案，丢失自己负责。已经工作的自考生有工作单位并且工作单位有存放人事档案部门的自考毕业生可以将自考学籍档案材料放在自己单位。
拓展资料：
自学本科档案里面包含着毕业生自学考试期间所取得的全部合格的自学考试本科或者是专科课程的成绩、实践论文成绩、毕业生个人的信息、省自考办和主考院校共同对毕业生的毕业审定结论和盖的印章等相关毕业生的档案信息内容。同时也是自学考试本科毕业生考研和考国家公务员和地方公务员重要人事档案及录取的重要调档的凭证。如果半年后，自学考试本科毕业生取得主考院校所颁发的学士学位证书，还会有主考院校发给盖有主考院校印章的学士学位审定表一份，和毕业生登记表合并一起，成为自学考试本科生的最后的毕业档案。
自考本科或者是专科毕业档案一般由省自考办和主考院校共同签署印章方可有效，一般一式三份，省自考办和主考院校各留一份存档，另一份由考生本人交所在单位或者是人事考试中心存档。
参考资料：
百度百科-自考本科档案
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