自从西汉丝绸之路开通以来,敦煌就成为丝绸之路上的重镇之一,往来客商和政府驻军使敦煌辉煌了一千余年之久。
到赵匡胤建立宋朝的时候,由于宋朝软弱无能,没有能够收复河西走廊。此时敦煌由唐末以来的地方割据政权归义军所控制,面临着回鹘和西域的伊斯兰教势力的威胁。此时敦煌称沙州。
宋咸平五年(1002年)归义军内部发生兵变,归义军领袖曹延禄与其弟曹延瑞被迫自杀。延禄的族子曹宗寿在众人推举下掌握了归义军政权,宋朝政府遂任命曹宗寿为归义军节度使。战争和内乱使曹氏归义军政权迅速衰落,而沙州地区的回鹘势力在这一时期却得到了迅速发展,成为与归义军政权抗衡的重要力量。
此时,归义军政权已不堪一击,任何外来的攻击和内部的骚乱都足以使其倾覆。这使得在归义军政权庇护下的沙州佛教势力感到极度恐慌。
景德三年(1006年),信奉伊斯兰教的黑韩王朝灭掉于阗佛教王国,这个消息很可能被从沙州寺院东逃的于阗人得知,在佛教像法灭尽思想的影响和穆斯林东进的威胁下,莫高窟的一些寺院将一些重要的经卷和佛像、幡画等集中起来。
收藏在原来存放各寺剔除的经卷、外典、过时文书、旧幡画、佛像的洞窟中(今编号为第17窟),并将该窟洞口封闭起来,做了必要的掩饰。以后,由于当事人和知情者逐渐离开人世,藏经洞的情况也就不再为世人所知。
敦煌石窟密洞中,所藏遗书以佛教典籍最多,还有天文、历法、历史、地理、方志、图经、医书、民俗、名籍、帐册、诗文、辞曲、方言、游记、杂写、习书,成为多种物质文明和精神文明的重要依据和补充参证,其主要部分又是传统文献中不可得见的资料,价值尤为珍贵。所以被视为中国文化史上的四次大发现之一。