1993年,配合“八五”保护维修工程进行的窟前遗址发掘是继敦煌莫高窟窟前殿堂遗址发掘之后又一次大型石窟寺窟前遗址发掘。经过近两年艰苦细致的工作,共揭露遗址面积4000余平方米,清理出石砌河坝遗迹一道,建筑遗址4处,出土各类遗物2000多件。这次发掘初步探明云冈石窟窟前建筑遗址脉络,再现了云冈石窟的历史面貌,堪称建国以来石窟寺窟前遗址考古的一次重大发现。其中第三窟遗址发掘成果被评为“93全国十大考古新发现”之一。研究院专业人员在各类专业杂志刊物上发表云冈石窟研究论文百余篇,与此同时,还系统出版了以下书籍:1988年由文物出版社出版《中国美术全集·云冈石窟雕刻》;1991年由文物出版社和日本平凡社出版《中国石窟·云冈石窟》;1996年由文物出版社出版中型画册《云冈石窟》和《云冈石窟》说明书;2001年由重庆出版社出版《中国美术分类全集·云冈》;2006年由文物出版社出版《云冈石窟编年史》、《2005年云冈国际学术研讨会论文集》(保护卷、研究卷)。