去了其它专业近五年来，学校主持国家社会科学基金、国家自然科学基金项目150项，省部级科研项目175项；参与了审计署重要政策和法律法规建设工作以及审计学科建设等重大理论课题的攻关。学校承担了“2014年国际奥林匹克青年运动会（南京）财务预算方案”、“中国广东核电集团台山核电有限公司内部审计质量评估”、“中国长江三峡集团公司信息系统管理与风险控制”等课题。在《经济研究》、《中国科学》等权威期刊发表论文139篇，在CSSCI/CSCD以上刊物发表论文1079篇，出版学术专著128部，获省部级以上科研成果奖35项。《南京审计大学学报》是由南京审计大学主办的学术期刊，2004年2月正式创刊并公开发行，双月刊，刊号为CN32-1724/F。设置的主要栏目有国民经济、金融与保险、公共管理、财政与税收、法学研究、企业管理、会计与财务管理、审计研究、文史哲、高教研究等。学校主办的《审计与经济研究》为中国中文核心期刊、CSSCI来源期刊、RCCSE中国核心学术期刊、“全国高校百强社科期刊”、人大复印报刊资料重要转载来源期刊 。《南京审计大学学报》为RCCSE中国核心学术期刊（扩展版）。《中国审计评论》（Auditing Review of China）是由南京审计大学现代审计发展研究中心和中国审计学会审计教育分会共同主办、中国时代经济出版社出版的专业学术期刊，期刊致力于中国审计学术研究，同时又与国际惯例接轨。每年出版两期，创刊号第1期于2014年7月15日出版；每期刊登篇幅万字左右的学术论文约10篇。
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