《南京农业大学学报》为综合性农业学术期刊，1956年创刊，包括《南京农业大学学报》（自然科学版）和《南京农业大学学报》（社会科学版），主要刊登农业科学、植物保护、园艺科学、动物科学、动物医学、生物技术与工程、资源与环境科学、农业工程等学科具有创新性的研究论文、文献综述、研究简报。《南京农业大学学报》为中文核心期刊、中国精品科技期刊、百种中国杰出学术期刊、中国科学引文数据库(CSCD)源期刊、中国科技期刊引证报告(CJCR)源期刊，12013年的影响因子为，2014年各项学术指标综合排名在1989种统计源期刊中排第250位。
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