肝素酶具有许多重要的医药用途，主要用途如下：（1）制备低分子和超低分子肝素低分子量肝素和超低分子量肝素具有抗凝血功能，在抑制血管增生，阻止肿瘤转移，治疗癌症，抗过敏等方面也有特殊的功效。利用肝素酶生产低分子肝素条件比较温和，环境友好而且不会作用于硫酸基团，是理想的工业生产方法。（2）体外循环血液中肝素的消除某些重症病人例如尿毒症患者在手术过程中需要进行血液的体外循环，在体外循环的过程中为防止血液凝固需要加入肝素。为防止肝素残存在血液中影响血液凝固，临床上需要加入鱼精蛋白来中和肝素。临床研究发现鱼精蛋白严重损害血小板，影响动脉血压得稳定，而肝素酶没有这种副作用，因此是理想的替代材料。需要注意的是，由于肝素酶对细胞外基质也有降解作用，因此用于血液肝素化去除的肝素酶也需进行固定化，并且要求肝素酶不能有免疫原性。（3）肝素精确结构的确定将待分析的肝素先用来自肝素黄杆菌的经过纯化所得到的肝素酶进行降解，得到四糖产物，然后再用同样来自肝素黄杆菌的经过纯化所得到的乙酰肝素酶进行深层降解处理，通过对最终的产物分析，就可以推测出相应的肝素的结构。（4）制备抗肿瘤药物由于肝素酶与肿瘤转移密切相关，因而越来越受到重视。许多研究人员试图寻找肝素酶的抑制剂，如硫酸海带多糖等，抑制肿瘤的生长和转移。（5）抑制新血管生成及碱性成纤维细胞生长因子介导血管内皮细胞的增殖新血管的形成关系到组织的分化，伤口的愈合和肿瘤的转移。大多数的研究者都把精力放在肝素类物质在新血管的形成过程中所起的作用。其实众多的体外还是体内的新血管生成及碱性成纤维细胞生长因子介导血管内皮细胞的增殖实验表明，肝素酶I和III（不包括肝素酶II）可以有效地抑制它们的发生。其作用的机理可能是在过程中起重要作用的乙酰肝素的某一部分被肝素酶切除，使新血管的形成得到抑制。（6）肝素酶在产科领域中的应用胚泡植入需要子宫内膜细胞表面成分发生相应的变化。肝素酶能调节胚泡滋养层细胞，使其更易粘附和植入子宫内膜。同时，肝素的侧链可结合多种活性因子:如表皮生长因子，血管内皮细胞生长因子，肝素结合的表皮生长样因子及其他生长因子与细胞因子。肝素酶分解肝素侧链后，这些因子释放，可以促进滋养细胞分裂、增殖和血管生成。胎盘组织是一种细胞滋养细胞侵入子宫内膜后形成的特殊结构，滋养细胞有很强的侵入能力。肝素酶通过分解肝素侧链，释放出细胞因子，促进滋养细胞侵入血管基底膜，使新生血管形成，为胚胎组织生长发育奠定基础。肝素酶与妊娠的成功和分娩的发动也有一定的关系。
小库2011
