两者所采用的知网论文查重系统是截然不同的。现在几乎所有的院校都采用知网系统，因此我们就拿知网系统来进行一个比对。在知网检测系统中，本科论文查重使用的是PMLC系统，而硕士论文使用的是系统。系统的不同最终获得的结果也是完全不同的。知网本科查重系统中的数据来源主要是以往大学生毕业论文的资料库，而硕士查重系统的数据来源是硕士毕业论文的资料库。两者所依附的资料库是具有针对性的，这也就是为什么同样一篇论文通过两个系统来检测，结果会有出入的重要原因。所有的知网查重系统均限制单位内部使用，需要有单位知网账号登录才能进入知网查重系统进行查重。
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