参考文献顺序是有要求的。参考文献按照其在正文中出现的先后以阿拉伯数字连续编码，序号置于方括号内。一种文献被反复引用者，在正文中用同一序号标示。
首先从顺序上讲，参考文献后面不是正文，相反，正文的后面才是参考文献。具有来看，论文主要顺序一般都是引言、正文、结论、参考文献、致谢、附录等部分组成，并按此前后顺序排列。
参考文献的技巧：
论文格式要求参考文献在正文之后，参考文献后还有发表论文情况说明、附录和致谢。首先删除尾注文本中所有的编号（我们不需要它，因为它的格式不对），然后选中所有尾注文本（参考文献说明文本），点“插入|书签”，命名为“参考文献文本”，添加到书签中。
这样就把所有的参考文献文本做成了书签。在正文后新建一页，标题为“参考文献”，并设置好格式。光标移到标题下，选“插入|交叉引用”，“引用类型”为“书签”，点“参考文献文本”后插入，这样就把参考文献文本复制了一份。
一般学科毕业论文有相应要求，如无则不一定按照出现的顺序标注，一般来说小论文中存在此种情况，作为硕士论文最好按照出现顺序标注，便于核对和审查。
参考文献的着录格式及标注均有较严格的规定，医学期刊一般采用改良的温哥华格式着录参考文献。
一些具有较高学术价值的论文因参考文献着录格式的不规范或引用不当而延期发表或遭到退稿，其原理、论点、论据及论证尚需修改、变更或充实，又因其发行量很少，读者面窄，无从查考，起不到参考作用。
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