会查的。目录是由正文里的标题产生的，查正文的时候会查标题；参考文献重复一些是没问题的，不能重复太多，比如90%都一样就不行。
查重的学术不端检测理论上是查正文，不过，系统并不智能，同样的文章不同次检测结果也不同。有时候，论文封面的标准格式、页码、参考文献、致谢、个人简历、在学期间学术成果等页面也会被查重，计入重复率百分比。所以，学校还要求大家对查重结果做说明，说明这些是非正文，不涉及学术观点
这个要看你学校具体要求的，你学校要检测哪些就上传哪些，尽量和学校查重内容保持一致，这样检测的才一致。不过目录和参考文献在学校查重系统可以识别的，只要你的格式正确，系统可以自动剔除不算重复的。查重可以直接到图书馆查重，也可以到一些知网自助查重网站：学术不端网、PaperEasy、蚂蚁查重网等，全程自助安全！快速！
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迟到的春风
