坚持“科技强校”,鼓励教师以科学研究促进本科教学。设立了艾滋病研究所、肝病研究所、老年医学研究所、儿科研究所、中药研究所、中医基础理论与应用研究所、糖尿病研究所、针灸研究所、肿瘤研究所、心血管疾病研究所、中医药文献研究所和中医药与经济社会发展研究中心等研究机构。早在“七五”期间,学校就承担了脾胃病方面的国家重大科技攻关课题。“十五”期间教师发表论文3635篇,其中被SCI、EI、ISTP收录20篇;获省部级科技成果奖53项;出版各类专著192部;各类科研立项307项。其中国家973计划课题2项,国家863计划课题1项,国家自然科学基金课题5项,国家“十五”科技攻关课题9项,教育部重点研究课题6项,教育部新世纪优秀人才支持计划1项,国家中医药管理局课题12项,科研总经费4700万元。支持教师开展教育教学研究。2003年以来教学研究课题立项202项,其中省级15项,厅局级37项;获得教学成果奖87项,其中省级7项,厅级49项;公开发表教学研究论文488篇。学校主办有《河南中医》和《河南中医学院学报》两种省级学术期刊,国内外公开发行。《河南中医》先后被评为全国中医药优秀期刊、全国高校优秀科技期刊和河南省优秀科技期刊;《河南中医学院学报》2006年获得教育部“首届中国高校特色科技期刊”奖。重视学位与研究生教育。1979年,学校被国务院学位委员会批准面向全国招收和培养硕士学位研究生;1981年,被批准为首批硕士学位授予单位。现有中医学、中西医结合、药学、中药学等4个硕士学位授权一级学科,23个硕士学位授权学科、专业。1997年起相继与北京、上海、黑龙江、天津、辽宁等中医药大学和中国中医科学院联合培养博士研究生。2003年,被教育部正式批准为联合培养博士研究生工作单位,2006年,一附院被人事部批准为博士后科研工作站。抓住高等教育国际化的历史机遇,积极开展国际交流与合作。1994年8月,教育部批准我校招收外国留学生和港澳台学生,至今已有20余个国家和地区的学生和医药技术人员来我校学习,已毕业的各类学历教育留学生及港澳台地区学生百余人。近年来,与美国哈佛大学医学院、日本金泽大学药学部、浜松医科大学、东京国立感染症研究中心、韩国大邱韩医大学、东义科学大学、加拿大安省中医学院、新西兰东方医学院、巴西若茵维莱大学、意大利东方大学等20多个海外教育、科研、医疗机构开展了联合办学和技术合作。逐年加大投入,不断改善办学条件。现有两个校区,占地面积亩,其中老校区占地面积亩,新校区占地面积亩。目前新校区建设已完成投资亿元。现有教学科研仪器设备总值万元,各类馆藏纸质图书829498册,电子图书万册。教学仪器设备、图书资料、教室、宿舍、食堂和运动场地均能较好地满足本科教学需要。学校竞争力和社会声誉不断提高。近三年第一志愿报考率均超过了100%,2003年为134%、2004年为102%、2005年为123%;新生报到率均超过95%;毕业生流向合理,年底就业率分别为、和,名列河南省普通高校前列。中央、省、市多家新闻媒体对我校整体发展、教学改革、思想道德教育、社会实践活动的成效和教师、学生的先进事迹从不同方面进行了广泛报道,总体社会评价良好。多年来,学校坚持科学发展观,推行教育教学、学科建设、职称评审、财务管理等改革,努力使教学、科研、学生、后勤管理科学化,提高了全体教职工支持教学、服务教学、投入教学的积极性和主动性。目前,我校正处于建设和发展的关键时期。面向“十一五”,全校上下正以本科教学工作水平评估为契机,全面落实发展规划,全力提高本科教育教学质量,努力创建本科教学工作优秀院校,使学校的教学质量和办学水平达到一个新的高度,努力实现把学校建设成为办学特色突出、国内外影响较大的教学研究型中医药大学的奋斗目标。2016年3月河南中医学院升为河南中医药大学。