潘懋元等:《高等教育学学科建设人才培养与教学改革研究》,2001年获国家优秀教学成果奖一等奖 潘懋元等:《高等教育学》,于1987年4月获福建省哲学社会科学“六五”规划科研项目优秀奖,于1987年10月10日获中国人民大学吴玉章基金教育学优秀奖,于1988年1月27日获国家教委高等学校优秀教材一等奖,于1989年9月获全国首届优秀教育理论著作优秀奖。潘懋元、罗杞秀:《马克思主义的教育理论家杨贤江》,于1987年10月获中国杨贤江基金会荣誉奖。潘懋元等:《杨贤江教育文集》,于1987年10月获中国杨贤江基金会荣誉奖。潘懋元:《高等教育学讲座》,1989年获全国教育科学优秀专著一等奖。潘懋元、邬大光:《中国发展地区性高等教育的理论探讨》,1990年12月获中国高教学会高教科研优秀论文二等奖。潘懋元:1991年4月22日获厦门“建文资深教师奖励金”。潘懋元:《正确对待商品经济对高等教育的冲击》,1991年获光明日报社等单位评选的优秀高教论文奖。潘懋元:1991年获国务院颁发的有突出贡献专家特殊津贴。潘懋元:《市场经济冲击与高等教育抉择》,1993年8月23日获福建省高教学会优秀论文一等奖,1993年12月24日获中国高教学会优秀论文一等奖。潘懋元:《社会主义市场经济与高等教育》,1995年10月获国家教委人文社科一等奖。潘懋元:1995年获优秀博士生导师。潘懋元等:《学习-研究-教学实践三结合的研究生课程教学方法》,1996年12月获福建省教学成果一等奖。潘懋元:《高等教育改革与市场经济》,1996年获国家教委社科优秀论文二等奖。潘懋元等:《高等教育的基本功能:文化选择与创造》,1998年1月15日获中国高等教育学会优秀论文一等奖。潘懋元等:《现代高等教育思想的演变——从20世纪到21世纪》,2009年获福建省第八届社会科学优秀成果奖荣誉奖。潘懋元等:《学术沙龙:情理交融中的人才培养实践》,2009年荣获国家级教学成果二等奖。