1979年1月后改称上海市医学化验所。1985年5月改为现名。1999年1月成立上海市临床检验质量控制中心,是上海市卫生局授权开展全市临床实验室质量监督、管理和服务的技术支撑单位。中心下设16个科室,其中业务科室11个。附设《检验医学》杂志编辑部、WHO试剂生产合作中心。总占地面积9932平方米,建筑面积5510平方米。历年来被评为“上海市卫生系统文明单位”、“上海市卫生系统院务公开先进单位”、“上海市科教党委和浦东新区综合治理先进单位”,“上海市平安单位”、“上海市爱国卫生健康先进单位”。中心拥有优良的检测环境、先进的仪器设备和技术精湛的专业高年资检测人员。2002年6月中心实验室通过了中国合格评定国家认可委员会的评审。为了保证检测结果能溯源到国际标准或国家标准,中心的所有计量设备均通过计量认证,溯源到国家标准。同时,还根据国际标准正在建立各专业的标准化实验室,以提供质控样品、校准样品的溯源性。中心不仅是地区性室间质评提供者,而且还参加了世界卫生组织等室间质评机构组织的室间质评。通过能力验证,确保了本中心实验室检测结果的准确性,提高了检测报告的可靠性。