“十一五”期间，该校累计发表SCI论文3877篇，位居全国医学院校之首。该校2005年度共发表科技论文1888篇，其中SCI收录论文数为406篇，比2004年度统计的结果（364篇）增长了。该校在2006年共发表科技论文2265篇，其中SCI收录论文数为454篇，论文最高影响因子达。“十一五”期间，承担各类科研项目共计6367项，累计获科研项目资助额达亿，其中国家级科研项目资助金额占61%；累计获各类科技奖励成果199项，其中国家科学技术奖24项；累计获准专利215项，新药证书7项，位居全国医学院校之首。 《中国医学科学院学报》：美国生物医学文献联机数据库(Medical Literature Analysis and Retrieval System, MEDLARS/PubMed)及其《医学索引》(Index Medicus, IM)、荷兰医学文摘数据库 (EMBASE)、美国化学文摘数据库及其《化学文摘》(Chemical Abstracts,CA)、世界卫生组织《医学増补文摘》光盘数据库(ExtraMED)、俄罗斯《文摘杂志》(Рефсратнвньй Журнал, РЖ/AJ)及波兰《哥百尼索引》(Index Copernicus,IC)收录期刊。《中国医药导报》：中国科技论文统计源期刊（中国科技核心期刊）、中国学术期刊综合评价数据库统计源期刊、中国科技论文与引文数据库收录期刊、中国生物医学文献检索分析数据库收录期刊、解放军医学图书馆中文生物医学期刊文献数据库收录期刊，是卫生部和国家食品药品监督管理局核准的允许发布处方药的医学、药学专业刊物。《中国循环》：中文核心期刊、ST 日本科学技术振兴机构数据库(日)中国科学引文数据库(CSCD—2008)收录期刊。《中华血液学》：《CA》、《Index Medicus/Medline》、《Biological Abstracts》、《Medline Exp-ress》、《CBMdisc》收录期刊。《协和医学》、《中国分子心脏病学》、《国际皮肤性病学》、《国际生物医学工程》、《国外医学情报》、《医学研究》、《中国骨与关节外科》、《癌症进展》、《Chinese Medical Sciences Journal》、《Chinese Journal of Integrative Medicine》、《中国卫生政策研究》、《中华骨质疏松和骨矿盐疾病》、《中华临床免疫和变态反应》等数十种。
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