颜福庆除热心于兴办医学教育事业外,他还联合了伍连德等在上海的医务工作者,在1914年5月,发出了组织中华医学会的倡议,并于1915年2月在上海正式成立了中华医学会。因伍连德要坐镇东北主持东北防疫总处,无法来上海工作,因此在成立大会上,颜福庆被选举为首任会长。1914年4月14日颜福庆发表《中华医学会宣言书》,宣告学会宗旨是:“巩固医界交谊,尊重医德医权,普及医学卫生,联络华洋医界。”1914年11月创刊了《中华医学杂志》 (中英文并列)。在此以前,国内曾有一个“中国博医会”,于1886年在上海成立,是外国教会医院医师在中国的医学团体。该会在辛亥革命前是不允许中国医师参加的。在中华医学会成立后,经过颜福庆等人的努力,于1932年4月,中华医学会与中国博医会执委会在上海召开会议,双方采用通信表决的方式征得全体会员的同意,宣告两会合并。合并后的中文名称仍为中华医学会,并明确规定,外国人不能任会长、总干事和会计的职务。从此,中国的医务工作者有了自己的学会和自己的医学杂志。