系统生物学与医学发展潮流经历了二大时期:第一期：50-80年代，贝塔朗菲的抗体系统论 - 经历了论述生物学系统观的坎坷，系统论与数学模型计算机方法的系统生物学概念、术语与理论提出和系统生态学、系统生理学的发展。第二期：来源于中国 – 曾邦哲（Zeng BJ）90年代提出系统医学、系统遗传学和系统生物工程等以及系统论和实验、计算方法整合的现代概念和国内外学术交流等 - 经历了国内外20余年的艰辛开拓。其中，分子生物技术、计算生物信息技术和转基因生物技术等综合 - 开始于1994年北京，中科院微生物研究所中国最早的基因技术中心（与北京中医药大学的合作等）和1997年留学海外的高通量生物技术研究细胞信号传导与基因表达调控等。1）1992年4月在中国广州曾邦哲（曾杰）提出系统医学概念和模型。- 中医五行理论（正是从五行模型艾什比发展了稳态模型）与控制论模型和西医内稳态（正是从生理体液内稳态发展了系统论等思潮）；- 中医经络模型的生物物理学研究和西医的神经内分泌免疫系统模型等；- 1993年发表生物系统结构论 – 生物是信息控制系统的泛进化理论；- 1992-1994年发表细胞分子系统和个体器官系统等系统控制论和基因组信息系统理论等的系统遗传学、系统生物工程和系统生物科学等概念与原理。2）“系统生物学”词汇出现在1993年德国马普研究所Zieglgansberger W和Tolle TR论述应用于神经疾病的研究。- 1996-1999年国际会议筹办和网站、刊物等，曾邦哲提出系统理论和实验生物技术、计算生物技术整合概念，从分子、细胞到器官、生态等层次生物系统与人工生物系统的实证与综合（synthetic）研究等；- 1995年中科院微生物所和发育所等筹备第一届国际转基因动物学术研讨会时，在国际上提出发展系统生物工程学等；- 1995-1996年期间，中国科学家与美国华盛顿大学分子生物技术系胡德（正在做转基因动物研究）等国外科学家通信；- 1999年筹备国际协会和2001年北京国际系统生物科学会议，2000年中国科学家邀请了日本e-cell课题组Tomita等；- 1999-2000年期间，sony公司北野宏明正在合作开发e-cell模型计算机软件，e-cell最早来自1999年美国文特尔课题组；- 北野宏明（计算机科学家）2000年在东京举办了国际系统生物学会议，2000年美国胡德（生物技术学家）于西雅图建立系统生物学研究所。3）2001年月（9月出版，提到Principia Cybernetica Web - 2000年元月链接曾邦哲的生物系统论）、Ideker T & Hood L9月和Kitano 月（MIT出版2000年会议论文集）等发表文章论述系统生物学的系统理论、组学生物技术和生物计算方法等。- 2003年国际形成系统论和实验、计算方法整合的系统生物学概念共识；- 2003-2008年国际国内建立系统生物学、合成生物学、系统医学、系统遗传学、系统生物工程与系统生物科学等研究机构，从而兴起了21世纪一场新的科技革命。4）2012年9月国际系统医学大会在爱尔兰都柏林召开 ，并邀请曾杰（邦哲）在开幕式那一天做题为“A Brief View of Systems Medicine and Genetics”学术报告。
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