2000-2010年任心血管领域最高杂志《Circulation Research》两届编委, 2014年任《new england journal of medicine》 (NEJM)新英格兰医学杂志副主编,也是首位华人副主编,主持北京大学NEJM中国编辑部工作。1999年至今任《Journal of Molecular and Cellular Cardiology》编委,同时还担任新创刊的《Disease Models and Mechanisms》的首任编委。为《Science STK》、《Circulation》、《Circulation Research》、《Trends in Pharmacological Sciences》、《Trends in Cardiovascular Medicine》、《Cardiovascular Research》、和《Journal of Molecular and Cellular Cardiology》等撰写特邀综述(Invited Reviews)或编辑评论(Editorial)。作为转化医学的先行者之一,肖瑞平教授在将转化医学的概念引入中国的同时也在身体力行地进行推广,她认为中国在这一新领域能够有所作为(Nature 2004, 432:A44-47)。自2003年起筹建北京大学分子医学研究所(IMM),2005年1月北京大学分子医学研究所正式成立,肖瑞平教授担任所长。至今,北京大学分子医学研究所以独特的机制运行并已获高水平研究成果,已成为我国心血管科学研究领域与国际接轨的桥梁。