会下设四个工作机构、三个专业委员会和二个代表处。 工作机构 秘书处: 综合协调处理协会日常事务工作,负责协会的人事财务,负责与各办事机构、分支(代表)机构和会员单位的联络,承担领导交办的各项事务工作。 培训部: 综合管理协调协会的培训工作,开展业务咨询和会展服务工作,编辑培训大纲、教材和参考资料等。 学术部: 开展医药学术交流、考察和科学研究,书刊、教材编辑。承担协会专家委员会的日常工作。 国际合作部 :综合管理协调协会的国际交流与合作项目。开展国际间的交流与合作,采取“走出去,引进来”的方式,促进国际间同行的学习与交流.分支机构。高等药学院校(系)委员会 参与全国高等药学教育的规划、计划及有关方针、政策的研究和讨论,为有关部门的决策提供参考依据和建设性意见。承接上级领导部门委托的有关药学事业研究课题或其他任务。定期召开各种研讨会,促进国际与校际的协作与交流。举办各种进修班、学术报告会、组织业务培训、编写有关教材以及咨询服务工作。 成人教育委员会: 开展成人教育的理论研究,编辑和发行有关刊物、资料、教材、书籍等;为全国医药企事业单位提供培训和咨询服务;举办研讨会,开展学术交流与合作。 技术教育委员会 开展职业教育的理论研究,定期召开各种研讨会;编写和创新理论课程教材和实训课程教材;参与医药行业特殊工种职业资格标准的制定、职业培训和资格鉴定工作;开展国内外学术交流与合作。