两种都可以，建议下载PDF版本的，因为PDF版本更实用。
硕士论文整本下载下来应该是.NH或.KDH的格式，你要用CAJVIEWER打开，中国网站主页有下载，实际上就是知网自己开发的阅读器，用这个也可以打开PDF，但是ADOBE READER打不开他的文章，除非你选择PDF下载，不过没有指望默认的文章格式看的清楚。
中国知网提供的有CAJ阅读器下载，也可以直接去天空等网站下载这个阅读器。另外，要看你下载的时侯选择的是什么格式的文件。硕士论文一般都要用CAJ才行。
知网中的硕博论文是caj格式，期刊论文如果在你找到的相关文献列表页，不打开文献，直接点击文献名字右侧的下载键，知网默认的也是caj格式。但是，PDF格式的论文更方便大家使用。所以，下载硕博论文时，把知网转成英文版知网再下载，这样获取的是PDF格式，而且不用下载知网caj阅读器了。下载期刊论文，在文献列表页，下载哪篇文献就点击篇名打开文献，就可以选择PDF格式下载了。
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