本科毕业论文抽检查选题、逻辑、研究方法、写作安排、格式规范等。论文抽检分为初评阶段和复评阶段两个环节，初评由三位专家进行，若其中两位专家认为论文不合格就会被认定为存在问题。
若有一位专家认为不合格将会进行复评，复评不通过也会被认定为是存在问题的论文，若文章只是存在逻辑不通等其他不严重的问题，允许学生进行修改。但是若经查实毕业论文确实存在抄袭、篡改、代写等学术不端行为，就会被撤销已授予学位，并注销学位证书。
一篇完整的本科毕业论文主要是由封面、原创声明、论文目录、论文摘要、论文关键词、论文正文、论文致谢、参考文献、论文附录和开题报告等部分组成，而学校查重的时候就是将毕业生的论文统一整篇上传进行检测，所以整篇论文都是会查重到的。
不过自己提前查重的话，自己提交的是哪一部分，论文查重系统查重的就只会是那一部分，当然整篇上传检测出来的查重报告结果是最为准确最具参考性的。
通常情况下，论文查重主要是查重摘要、关键词、正文、致谢、附录和开题报告等文字部分，对于论文中的表格、图片和公式等一般不会查重。
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