有本质的区别，期刊是指正式发行的出版物，论文一般在期刊上发表，但是，也可以不发表。
期刊：期刊分为国内和国际期刊，国内期刊主要有：省级期刊、国家级期刊和核心期刊；国际期刊分为国际核心期刊和普刊，国际核心期刊主要是sci期刊、ssci期刊、ei期刊等。这些期刊，不均是学者们的科研交流，而且也是职称晋升的阶梯。论文：论文分为学术论文和普通论文，论文的类型与期刊的级别是相呼应的，如省级期刊，作者论文必须是省级论文发表；核心期刊必须是核心期刊论文发表；国际学术论文则是国际期刊。
发表论文的期刊分为六个基本级别：第一级别(T类)：特种刊物论文是指在《SCIENCE》和《NATURE》两本期刊上发表的论文。这是殿堂级别的刊物。发表的成果都是对各个专业有突出贡献的研究成果。每年全球的发行量也是特别少，含金量极高。二级别(A类)：权威核心刊物论文是指被SSCI、A&HCI、CSSCI以及全国权威性专业期刊收录的论文（不含报道性综述、摘要、消息等）。这是目前高校师生以及研究院所普遍认可的具有代表性的顶尖期刊。第三级别(B类)：重要核心刊物论文是指其他被CSSCI收录的期刊，以及ISSHP收录的论文。它的论文水平含金量比A类低，但是也是代表着各个专业内重要的研究性论文。第四级别(C类)：一般核心刊物论文是指没有被CSSCI收录但是被《中文核心期刊要目总览》所收录的论文。同样，在学科内有重要的影响，被高校师生普遍认可和投稿的期刊。无论你是专科、本科还是硕博，都是可以考虑的。第五级别(D类)：一般公开刊物论文是指在国内公开发行的刊物上(有期刊号“CN”“ISSN”，有邮发代号)发表的论文。这一级别的论文，就有点水了，但是非常适合刚刚跨入研究领域的学生投稿。同样，这类文章在毕业、深造、评职称，都是得到认可的。第六级别(E类)：受限公开刊物论文受限公开刊物论文，指在国内公开发行的但受发行限制的刊物上(仅有期刊号、无邮发代号)发表的论文。
1.两者的内容不同:学术论文期刊是在某一学术课题具有的新的科学研究成果或创新见解和知识的科学记录,毕业论文(graduation study)是专科及以上学历教育为对本专业学生集中进行科学研究训练而要求学生在毕业前撰写的论文。2.两者的主体不同,毕业论文是学生写的,期刊论文是科学研究人员,包括学生写的。3.两者的时间不同,毕业论文的时间安排在修业的最后一学年(学期)进行,但是学术期刊论文没有限制时间。毕业论文目的在于培养学生的科学研究能力;加强综合运用所学知识、理论和技能解决实际问题的训练
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