解放前,中国海洋细菌研究几乎是空白。解放后,随着海洋科学的发展,海洋细菌研究日益受到重视。1956年中国科学院海洋生物研究室(中国科学院海洋研究所前身)正式成立了海洋细菌组。两年后,山东海洋学院成立,海洋生物系与水产系也开展了海洋细菌方面的工作。到60年代中期,主要进行了海洋调查及分类方面研究。1959年,薛廷跃、孙国玉等首次从青岛近岸潮间带底泥中分离出排流杆菌、氧化硫杆菌及脱氧硫杆菌。1960年,薛廷跃从胶州湾海水中获得11株小珠菌,它们是丹砂色小珠菌共5株,StrainA一E,硫色小球菌2株,StrainA一B,柠檬色小球菌海洋变种、李氏小球菌海洋变种和纯白色小球菌。1961年,陈世阳等从青岛近海分离获得嗜盐性自身固氮菌海洋变种。之后研究逐渐扩大,研究厌氧细菌分离,从胶州湾海泥中获得厌氧光合细菌——纤细红硫菌。70年代中期后10年左右的时间,随着黄岛输油码头的建立,青岛近岸油污事故时有发生,同时胶州湾养殖藻类病害也频频出现。因此,这期间着重开展了环保及与藻类病害有关的研究工作。1979年丁美丽等在国内首次报道有关石油烃降解菌生态研究结果,从胶州湾分离出300余株具有分解石油烃能力的微生物。其中,有5株放线菌,1株酵母菌,其余都是细菌,它们隶属于假单孢杆菌属、不动杆菌属、短杆菌属、产碱杆菌属、棒状菌属、节细菌属、弧菌属,另外还发现有肠道杆菌科及类似奈瑟氏球菌属的革兰氏阴性球菌。1983年,沈世泽等在青岛近海发现有还原络细菌存在。1986年,陈騳经调查胶州湾或海带栽培区在异养菌中褐藻酸降解菌有相当高的比例。1979年和1990年,陈騳等和丁美丽先后在海带病害研究中发现海带病烂与褐藻酸降解菌有关。进入80年代后,中国对虾养殖业迅速发展。对虾疾病频繁发生,有关单位先后开展养殖动物病害研究,并继续进行有关环境保护工作。1983年,王文兴等从青岛太平角及即墨沿海养殖场水样及泥样中分离出弧菌属、假单孢杆菌属、不动杆菌属、棒状杆菌属、微球菌等属的细菌,还从对虾体内分离出一批菌株。它们分别属于弧菌属、棒状杆菌属、假单孢杆菌属、不动杆菌属、产碱杆菌和副溶血性弧菌。此外,钱振懦于1985年发现在青岛近岸水生活着许多对污水细菌具有抑制作用的细菌,如苛求芽孢杆菌、短芽孢杆菌、球形芽孢杆菌、坚强芽孢杆菌、朱红微球菌、李氏微球菌、亮白微球菌和放线菌。徐怀恕等于1989年发现在青岛港钢板桩上附着对钢有腐蚀作用的氧化硫杆菌、排硫杆菌和脱氮杆菌。