1、联盟成员部分独立性的丧失,使每个减员在经营上缺乏一定的灵活性,可能失去一些经营良机。在结成联盟后,对每个联盟成员公司来说,都丧失了一些“自由”。如联盟成员 在没有得到联盟伙伴同意的情况下,不能自由租用和买卖船舶。在瞬息万变的市场环境 下,往往由此而坐失良机。这在多家公司组成的联盟中表现较为突出,而且成员越多, 情况也越严重。2、不以资产为核心的联盟,往往造成平等与效率无法兼得的局面。对于联盟成员公司来说,由于它们之间的联合不是以资产为纽带,所以合作伙伴在谋求自身的利润最大化时,难 以避免“同床异梦”局面的形成。同时,又由于联盟成员公司的揽货网络各自独立,但 又共同使用同一航线航班,所以也就难以避免伙伴之间的竞争。如果联盟内部的分配方 法规定过死,限制竞争,则影响各联盟成员公司积极的充分发挥,使联盟失去活力。3、联盟成员在各自经营特色、企业文化和管理体制上的冲突。联盟成员公司之间因是合作关系,共用船舶、码头,提供同样的船期,往往会因此影响自己玩势的发挥,难以显示 自己的服务特色。同时,还会因各自文化背景和管理体制的不同,给联盟合作带来一定 的障碍。4、联盟成员利益分配难以协调。战略联盟利益分配方案的制订是战略联盟成功的关键因素之一,同时也是分歧最多的地方。联盟成员在评估联盟时更看重的是公平而不是效率。 由于联盟成员投入资源的比例不平衡,从而造成了收益分配的难度。一个使联盟各方都 能接受的“公平”分配方案是联盟成功运作的保障,但是实践中很难保证各班轮公司在 联盟中感觉“公平”,结盟成员之间往往由于利益分配不平衡使得战略联盟出现松动,甚 至使联盟走向破裂。5、联盟外部环境变化的挑战。参加联盟的班轮公司鉴于合作可能带来的更大利益,,都很重视协调彼此之间的利益关系。但是当遭遇突发事件时,班轮公司往往会本能地作出先保 护自己的反应,结果可能导致联盟解体。