质谱的论文格式

质谱文件格式多种多样，各仪器厂商产出的数据都有不同。虽然HUPO已经对质谱数据进行了标准化，但大家依然是我行我素，因为不得不用它们提供的软件，而不同的软件会要求不同的格式进行搜库（不过现在很多软件以及支持多种数据格式了，如MaxQuant）。各厂商对应的文件格式如下表：

好在 ProteoWizard 为我们提供了格式转换的工具MSConvert，它可以转换为以下数据格式：

MSConvert的Linux版本并不友好，需要wine/docker来运行Proteowizard，但一般linux默认都是x64架构，而x64一直诟病于对Framework的支持。

Wine

更多命令可参考： msconvert

Docker ProteoWizard提供了docker 解决方案

转换过程会遇到一些错误，好像都有一些问题。

GUI界面版本操作起来更简单，但数据转移和运行速度实在是忍不了。

使用默认参数不过滤的话，转换的文件会非常大（比源文件增加数倍，因为它把一些无强度的峰也加进去了），速度也巨慢。一般Filters需要设置为Peak Picking，MS Levels设为1-2。

手动通过输入提问谱图中一定数目的质谱峰数据（质荷比、丰度），在数据库中进行匹配，获得与提问谱相似的谱图。搜索打开App植物代谢组 | 一文了解用于质谱定性的代谢物数据库4 个月前 · 来自专栏 代谢组及多组学技术迈维代谢MetWare迈维代谢MetWare​关注上期我们整体看了一下公共/自建数据库的类型，我们也能很清楚的发现，对于不同的数据库有着不同的用途，本期我们就具体来讲讲用于质谱数据匹配的数据库。(点此阅读原文）（National Institute of Standards and Technology）：包含气质平台30万+代谢物NIST数据库是由美国国家标准技术研究院出版，一般与GC-MS平台配套使用。对于该数据库目前没有开放使用，但是网页版本的数据库开放使用，网页版本的可以看作是NIST的标准参考数据库Standard ReferenceData中一部分与化学有关的数据库的Web版本，可通过分子式检索、化学名检索、CAS登录号检索、离子能检索、电子亲和力检索、质子亲和力检索、酸度检索、表面活化能检索、振动能检索、电子能级别检索、结构检索、分子量检索和作者检索等方法，得到气相热化学数据、浓缩相热化学数据、相变数据、反应热化学数据、气相离子能数据、离子聚合数据、气相IR色谱、质谱、UV/Vi色谱、振动及电子色谱等。网页链接：. MassBank：包含来自气质液质不同平台不同模式共15055种物质MassBank是一个高质量的质谱数据库，旨在公开分享从代谢物的化学标准品得到的质谱图以方便用户进行代谢物的鉴定，包含了代谢物的质谱信息以及采集情况，这些信息来自于不同的质谱仪设置，包括不同的电离技术，例如ESI、EI、 CI、APCI以及MALDI。MassBank有三个不同的数据库：MassBank of North America (MoNa) 、the European MassBank 、the Japanese MSSJ MassBank，其中MoNa整合了更多来源的数据，因此相比其他两个更加受到科研工作者群体的偏好。但是对于鉴定植物中的代谢物而言，MassBank中所包含的数据库是有限的，尤其是以质谱平台进行了限制，用于检测植物的主要是液相质谱平台，其中使用较多的是以ESI离子源为主要类型，所有包含ESI离子源这种类型的数目加起来是11592个物质。METLIN数据库中的质谱图可以与一些不同的质谱仪产生的谱图进行很好的匹配，包括了其中包括AB公司的 Triple TOF 5600，安捷伦的 6460 Triple Quad，Thermo的 Q-Exactive和 LTQ Orbitrap Velos（使用任何一种CID 或HCD碰撞形式）。该数据库的不足在于所有的数据不支持下载，必须在线查看，这也使得研究者不能使用这些二级碎片信息来开发新的检索工具或者应用工具。虽然如果实验室拥有安捷伦公司生产的质谱仪器，用户可以向生产商购买METLIN的数据库，但是购买的数据库的并不能跟网络数据库同步更新。安捷伦的METLIN个人数据库中（personalmetabolite database，PMD）中包含有9083个化合物，其中4165个为代谢物，其他的为二肽或者三肽。

你好！！ 学位论文是申请博士或硕士学位的重要文献资料，是社会的宝贵财富。为了进一步提高学位论文质量，特制定本规范，博士、硕士研究生在撰写论文时应参照执行。一、学位论文内容和格式 论文的内容及其顺序依次为：封面、独创性声明和关于论文使用授权的说明、中文摘要、外文摘要、目录、主要符号表、正文、结论、致谢、参考文献、附录、个人简历、在学期间的研究成果及发表的学术论文。 1．封面：按国标，全校统一格式。 题目：应能概括整个论文最重要的内容，具体、切题、不能太笼统，要引人注目；题目力求简短，严格控制在30字以内。 分类号：中国图书资料分类法类号。 编号: 为学校代码。 UDC： 国际十进制分类法类号。 密级：在封面右上角处注明论文密级为公开、内部、秘密或机密。专业名称：以国务院学位委员会批准的专业目录中的专业为准，一般为二级学科名称。2. 独创性声明和关于论文使用授权的说明：为更好地维护学位制度的声誉，进一步规范学位论文管理，保证学位论文质量，明晰知识产权，杜绝论文剽窃现象，要求学位申请人及其指导教师分别签署“论文独创性声明”和“关于论文使用授权的说明”（见附件），并将其做为论文插页装订在学位论文的首页。 作者和指导教师的姓名需本人亲笔签字，不得用盖章或打印。 3．中文摘要：论文第一页为中文摘要，约800～1000字左右(限一页）。包括论文题目、摘要内容和关键词。摘要内容应包括工作目的、研究方法、成果和结论等。语言力求精炼，一般不宜使用公式、图表，不标注引用文献。为了便于文献检索，应在本页下方另起一行注明3-5个论文的关键词。4. 英文摘要：中文摘要后为英文摘要，也应包括论文题目、摘要内容和关键词。内容应与中文摘要相同。 5．目录：应是论文的提纲，也是论文组成部分的小标题。 6．主要符号表：如果论文中使用了大量的物理量符号、标志、缩略词、 专门计量单位、自定义名词和术语等，应编写成注释说明汇集表。若上述符号和缩略词使用数量不多，可以不设专门的汇集表，而在论文中出现时加以说明。 7．引言：作为论文的第一章，内容为包括研究课题的学术背景及意义，国内外文献的综述，研究课题的来源，研究的目的和主要研究内容。8．正文：是学位论文的主体。写作内容可因研究课题性质而不同，一般可包括：理论分析、计算方法、实验装置和测试方法、经过整理加工的实验结果的分析讨论、与理论计算结果的比较，本研究方法与已有研究方法的比较等。学位论文是专门供专家审阅以及供同行参考的学术著作，必须写得简练、重点突出，不要叙述那些专业人员已熟知的常识性内容。同时应注意使论文各章之间密切联系，形成一个整体。9．结论：应该明确、精炼、完整、准确，使人只要一看结论就能全面了解论文的意义、目的和工作内容；要认真阐述自已的创新性工作在本领域中的地位、作用和意义；严格区分研究生的成果与导师科研工作的界限。结论单独作为一章排写，但不加章号。10．参考文献：只列作者直接阅读过、在正文中被引用过、正式发表的文献资料。参考文献的写法应该遵循规范。参考文献一律放在论文结论后，不得放在各章之后。11．致谢：致谢对象限于在学术方面对论文的完成有较重要帮助的团体和人士。12．附录：可以包括正文内不便列出的冗长公式推导，以备他人阅读方便所需的辅助性数学工具或表格，重复性数据图表，计算程序及说明。13．个人简历、在学期间的研究成果及发表的学术论文: 个人简历包括出生年月、性别、籍贯、学习（大学以上）及工作经历、获学士、硕士学位的学校及时间等；研究成果 可以是在学期间参加的研究项目、获奖情况及申请的专利等；学术论文应已正式发表，未发表的只列已录用(有正式录用函)的论文。著作及学术论文的书写格式与参考文献相同。二、论文的书写要求1．语言表述论文应层次分明、数据可靠、文字简炼、说明透彻、推理严谨、立论正确，避免使用文学性质的带感情色彩的非学术性词语；论文中如出现一个非通用性的新名词、新术语或新概念，需立即解释清楚。2．标题和层次论文分章节撰写，层次要清楚，标题要重点突出，简明扼要。标题字数一般在15个之内。每章应另起一页。层次代号的格式如下：第一章 XXXX (居中书写)1．1 XXXX1．1．1 XXXX3．篇眉和页码篇眉从第一章开始，采用宋体五号字居中书写，并在下方加一横线。奇数页的页眉书写： 论文的题目 如： 基于标准关系数据库的空间关系 偶数页的页眉书写： 福州大学硕士（博士、工程硕士）学位论文 如： 福州大学博士学位论文 页码从引言开始按阿拉伯数字连续编排，摘要、目录等前置部分单独编排。页码位于页面底端，居中书写。4．有关图、表 图：要精选，要具有自明性，切忌与表及文字表述重复要清楚，但坐标比例不要过份放大，同一图上不同曲线的点要分别用不同形状标出； 图中的术语、符号、单位等应同文字表述所用一致； 图序及图名置于图的下方，居中排写。 需要的话，可在图名之下加附图说明。表: 表格应随文给出，先见文后见表； 表中参数应标明量和单位的符号； 表序及表名置于表的上方，居中排写； 一张表格应为一个整体，不要拆分排写在两页上。表格不加左右边线。公式：公式的编号用括号括起写在右边行末，其间不加虚线。 图、表、公式等与正文之间要有一行的间距。文中的图、表、附注、公式的序号一律采用阿拉伯数字分章编号。 如：图2-5，表3-2，公式(5—1)等。若图或表中有附注，采用英文小写字母顺序编号，附注写在图或表的下方。5．有关参考文献及引用对作者已阅读过的对论文具有参考价值的文献应尽可能列出，并按文中引用文献出现的先后顺序连续编号。引用文献标示应置于所引内容的末尾的右上角，编号用阿拉伯数字并加上方括号，如“网络的先进性�0�1�0�1[4]”。当在文中直接提及参考文献时，其编号应与正文排齐，如“由参考文献[9，20-21]可知”。不得将引用文献标示置于各级标题上。参考文献表根据下述格式书写，并按顺序编号，即按文中引用的顺序将参考文献附于文末。作者姓名写到第三位，余者写“，等”或“，et al．”。几种常见参考文献著录表的格式为：连续出版物：序号作者．文题．刊名，年，卷号(期号)：起~止页码专(译)著：序号作者．书名(，译者)．出版地：出版者，出版年．起~止页码论 文 集：序号作者．文题．见(in)：编者，编(eds．)．文集名．出版地：出版者，出版年．起～ 止页码学位论文：序号姓名．文题：[XX学位论文]．授予单位所在地：授予单位，授予年专 利：序号申请者．专利名．国名，专利文献种类，专利号，出版日期技术标准：序号发布单位．技术标准代号．技术标准名称．出版地：出版者，出版日期举 例 如 下：[1] 张昆，冯立群，余昌钰，等．机器人柔性手腕的球面齿轮设计研究．清华大学学报，1994，34(2)：1-7 ．[2] 竺可桢．物理学．北京：科学出版社，1973．56-60．[3] Dupont B. Bone marrow transplantation in severe combined immunodeficiency with an unrelated MLC compatible donor．In：White H J, Smith R, eds. Proceedings of the Third Annual Meeting of the International Society for Experimental Hematology．Houston： International Society for Experimental Hematology,1974．44-46． [4] 郑开青．通讯系统模拟及软件：〔硕士学位论文〕．北京：清华大学无线电系，1987．[5] 姜锡洲．一种温热外敷药制备方法．中国专利，881056073，1980-07-26．[6] 中华人民共和国国家技术监督局. GB3100~3102．中华人民共和国国家标准——量与单位. 中国标准出版社, 1994-11-01．6．量和单位 要严格执行CB3100～3102：93有关量和单位的规定(具体要求请参阅《常用量和单位》,计量出版社，1996)； 单位名称的书写，可以采用国际通用符号，也可以用中文名称，但全文应统一，不要两种混用。三、论文的打印要求 1．封面 硕士学位论文的封面采用全校统一格式。 中文题目：三号黑体字， 研究生姓名、指导教师、专业名称等： 四号宋体字.2．摘要、正文的格式、字体、字型及字号要求 1）中文摘要：论文题目（居中、小2黑体）中文摘要（居中，4号黑体） 正文：800-1000字（小4号宋体字，限一页） 关键词：3-5个，中间用“，”号分开,(小4号黑体) 2）英文摘要：ENGLISH TITLE（小3号Arial Black字体）Abstract （4号Arial Black字体） Content (与中文摘要同)，（小4号Times New Roman 字体) Key words: 3-5个 （小4号Arial Black字体） 3）正文 大标题 第一章 黑体小2号 一级节标题 实验装置及方法 黑体3号 二级节标题 4．1．2 实验装置 黑体小3号 三级节标题 4．1．2．1激光分子束系统 黑体小4号 正文 PFOODR实验取得的效果 宋体小4号 表题与图题 表2-3飞行时间质谱实验装置 宋体五号 附图说明 1. 当前值 2. 过去值 宋体小五号 参考文献及篇眉 宋体五号 3．段落及行间距要求 正文段落和标题一律取“固定行间距20pt”。 按照标题的不同，分别采用不同的段后间距： 标题级别 段后间距 大标题 30～36pt 一级节标题 18~24pt 二级节标题 12-15pt 三级节标题 6~9pt (在上述范围内调节标题的段后行距，以利于控制正文合适的换页位置)参考文献的段后间距为30-36pt。参考文献正文取固定行距17pt，段前加间距3pt。注意不要在一篇参考文献段落的中间换页。 4、用纸及打印规格论文尺寸规格为A4(210X297mm)。每一面的上方（天头）和左侧（订口）应分别留边25mm以上，下方（地脚）和右侧（切口）应分别留边20mm以上。每行打印字数32-34字，每页打印行数29—31行。 附件：独创性声明 本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。 论文作者签名： 日期： 关于论文使用授权的说明 本人完全了解福州大学有关保留使用学位论文的规定，即：学校有权保留送交论文的复印件，允许论文被查阅和借阅；学校可以公布论文的全部或部分内容，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文。（保密的论文在解密后应遵守此规定） 论文作者签名： 指导教师签名： 日期： 祝你学业进步！！

化合物质谱数据怎么写的答案如下:首先第一步是写了开设置中心，二步是功效型号码是有什么是打开设没。

1、质谱表征是通过质谱技术对化合物进行分析和表征的过程。2、质谱表征需要先将化合物进行离子化处理，然后通过质谱仪器对其进行分析，得到化合物的质量-电荷比（m/z）信息，从而确定化合物的分子量、分子结构、含量等。3、除了质谱信息外，还可以结合其他实验数据（如核磁共振、红外光谱等）来综合确定化合物的结构和性质，从而更加准确地进行质谱表征。因此，质谱表征需要先进行离子化处理，然后通过质谱仪器分析化合物的质量-电荷比信息，最后结合其他实验数据进行综合分析，以获得化合物的准确结构和性质信息。