张作人还独辟蹊径,以原生动物为材料,研究了外界环境对生物的影响以及遗传中的核质关系,从而开拓了我国实验原生动物学的新领域。生物科学中的一个传统学说是强调细胞核对遗传的控制作用,因而一般主张通过改变细胞核的方法来产生遗传变异。张作人带领他的学生经过大量的研究发现,在一定时期细胞质具有很强的遗传作用,也可以用改变细胞质的方法来达到这个目的。60年代初,他选用一种细胞结构十分复杂的纤毛虫棘尾虫(stylony-chia)为材料,设计了独特的切割再生方案,当这种纤毛虫无性分裂中细胞内两个大核融合成一个圆球时,在显微镜下用自制的显微工具行使干扰细胞质而不触动细胞核的人工切割手术,然后取带有细胞核和部分细胞质的圆形切割块,让其再生,结果获得能正常分裂传代的由两个棘尾虫左右相互骈联在一起的“人工骈体棘尾虫”。这一结果证明,细胞核和细胞质之间的关系,不只是单方面的核主宰作用,而是细胞核和细胞质之间的相互作用。并且这种作用是动态的,随时间、地点和条件的不同而起变化。从1964年起,他连续发表了“一种遗传三百多代的人工畸型纤毛虫”、“人工诱导能遗传的骈体棘尾虫的条件”等著名论文。此后,张作人又通过另一种干扰细胞质而不触动细胞核的切割方法,诱导获得也能正常分裂传代的由两个棘尾虫以背部相互联接的“人工背联体棘尾虫”。他和学生在追究“骈体”、“背联体”形成机理的同时,又设计了新的切割方法以及摘除细胞核和核移位的实验,研究这两种“人工双体”的核质关系,发现尽管细胞核具有遗传控制作用,但它们有时也受到细胞质的影响和制约,在一定条件下,细胞质对细胞核的形状、数目、大小和位置的遗传也起着控制作用,并发表了“骈体棘尾虫细胞质的分化”、“人工背联体棘尾虫的大核调节现象及其与细胞质的关系”等系列论文。张作人用人工手术方法在棘尾虫上获得能正常遗传的“双体动物”,这在国际上是首创,他所创造的一套原生动物学技术在国际上处于领先地位。许多国际同行认为,张作人的研究为探索遗传的奥秘开拓了新的途径。先后有法国、比利时、苏联、美国、日本等10多个国家的科学家来函索取论文。此后,张作人主持的华东师范大学原生动物细胞学研究室对棘尾虫上发现的核质关系现象进行了系统研究,发表了一系列论文。多年来,张作人的论文不但被原生动物学的研究工作者所引用,也不断被细胞生物学和发育生物学的研究工作者所引用。他的研究成果曾获得1978年全国科学大会重大科技成果奖,1980年上海市人民政府重大科技成果一等奖等多项奖励。他曾被评为1977年上海市科技先进工作者,在全国科学大会上也被授予科技先进工作者称号。1982年他被选为国际原生动物学家协会(thesociety of protozoologists)荣誉会员。