毕业论文不合格，学校不会发放毕业证书。
《普通高等学校学生管理规定》第三十三条规定，学生在学校规定学习年限内，修完教育教学计划规定内容，但未达到学校毕业要求的，学校可以准予结业，发给结业证书。
结业后是否可以补考、重修或者补作毕业设计、论文、答辩，以及是否颁发毕业证书、学位证书，由学校规定。合格后颁发的毕业证书、学位证书，毕业时间、获得学位时间按发证日期填写。
扩展资料
不及格（59分以下，同时具备以下三条或三条以上者）：
1、在毕业论文工作期间，态度不够认真，有违反纪律的行为。
2、在教师指导下，仍不能按时和全面地完成与毕业论文有关的各项任务。
3、论文中，理论分析有原则性错误，或结论不正确。
4、论文写作格式不规范，文中使用的概念有不正确之处，栏目不齐全，书写不工整。
5、论文中的图表.设计中的图纸在书写和制作上不规范，不能够执行国家有关标准。
6、原始数据搜集不得当，计算结论不准确，不能正确使用计算机进行研究工作。
7、在论文答辩时，不能正确阐述主要内容，经答辩教师启发，仍不能正确地回答各种问题
参考资料：百度百科-普通高等学校学生管理规定
天堂猫ivy
