要查的，论文要查重的内容包括摘要、绪论、前言、正文、致谢。如果学校用的是知网查重系统，系统会自动过滤不查内容，封面、目录、脚注、参考文献。
本科院校的毕业论文开题报告一般情况下是不会进行查重的，只有论文初稿完成后答辩之前会进行论文内容查重的。
论文查重是对论文摘要、正文和结尾等文字部分进行查重。现在有很多的论文查重网站，但绝大多数高校只认可知网论文查重报告。查重一般会通过目录，对论文进行分章节检测，检测论文摘要和正文等文字部分的重复率。
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