(1)佣金是由经营者付给中介人或居间人的,而回扣则是付给交易相对人;(2)佣金是以明示的方式公开支付的,回扣是秘密给付的;(3)佣金是履行居间合同的形式,是支付给中间人的正当的劳务报酬,回扣是利用交易相对人权力来获取交易机会;佣金不仅要规定于合同中,而且要按正规程序出具票据、记入会计账目,缴纳税收;回扣既不入账,也不纳税,属黑色收入。【法律依据】《中华人民共和国刑法》第一百六十三条公司、企业或者其他单位的工作人员,利用职务上的便利,索取他人财物或者非法收受他人财物,为他人谋取利益,数额较大的,处三年以下有期徒刑或者拘役,并处罚金;数额巨大或者有其他严重情节的,处三年以上十年以下有期徒刑,并处罚金;数额特别巨大或者有其他特别严重情节的,处十年以上有期徒刑或者无期徒刑,并处罚金。公司、企业或者其他单位的工作人员在经济往来中,利用职务上的便利,违反国家规定,收受各种名义的回扣、手续费,归个人所有的,依照前款的规定处罚。国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前两款行为的,依照本法第三百八十五条、第三百八十六条的规定定罪处罚。