做染色体适合看哪个英文期刊

建议使用CNKI,维普，读秀，SCI等PubMed中文使用手册（一）PubMed简介：PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE是一个拥有1亿字条的巨大数据库。PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物 学数据，序列中心的数据等等。PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。（二）页面介绍:（更新很快，但其内容变化一般不大）在你的浏览器中的URL地址框中健入并单击回车键后，你将进入Pubmed的主页面。如图：主页面左侧框的介绍（注：Cubby和tutorial为最新加入的）MeSh Browser你可以用它来分层流览MesH表Single Citation Matcher通过填表的形式输入期刊的信息可以找到某单篇的文献或整个期刊的内容。Batch Citution Matcher用一种特定的形式输入期刊的信息一次搜索多篇文献。Clinical Queries这一部分为临床医生设置，通过过滤的方式将搜索的文献固定在4个范围：治疗、诊断、病原学与预后。Old PubMed (使用以前的PubMed查询方式)关于每一项的具体使用方法, 后面将会有详细介绍。3) Related ResourcesOrder Documents提供一种收费性质服务，可以使用户在当地得到文献的全文拷贝（费用与发送方式各不相同）。Grateful Med是对另一个NLM基于网络的查询系统的链接。Grateful Med也提供MEDLINE的接入，并且还有一些其他的数据库如AIDSLINE、HISTLINE等等。Consumer Health提供与MEDLINEplus的链接，MEDLINEplus是与消费者健康信息相关的国家医学图书馆的网络节点。Clinical Alerts此部分的目的是加快NIH资助的临床研究成果的发布。2. 主页面底部的介绍Diclaimer 在这里可以得到版权的相关信息，不承诺责任与担保的声明，与NLM下载的相关政策。Write to the Help Desk发e-mail给NLM消费者服务部。NCBI|NLM|NIH这里是对创建和维护PubMed的机构网页链接。下面将举例说明查询的主体部分，也就是页面上部的使用方法。假如我们这次的工作是查找与gallstone、pain有关的文献。在对话框中输入查询词。比如我们这次输入的是gallstone pain，然后单击“go”按钮或按回车键，PubMed将会自动开始检索，并将检索到的相关条目显示在屏幕上。你可以随时向查询框输入查询词，点击“go”按钮开始新的查询。“clear”按钮可以帮你清除查询框中的内容，然后开始一个新的查询。在查询框前search提示后有一个下拉式菜单，你可以在这里选择其他的信息资源或NCBI的数据库。Structure 搜索分子结构数据库(MMDB)The Molecular Modeling Database，这个数据库保存的是由X线晶体成像、NMR分光光度法建立的三维分子结构。Genome 提供所有基因与染色体纪录与图片的查询服务，这个库中数以百万的基因序列是由庞大的基因排序工作得来的。PopSet 这个数据库中的内容是由相关种族、人类发展、突变研究得来的人类进化与人种差异的结果。下面我们将详细介绍查询结果屏幕。显示选项（Display Option）在Display后面有一个下拉式菜单，在这里可以选择各种显示选项。简要格式（Summary）在缺省设置下PubMed采用这种显示格式，他所显示的内容包括以下几项：作者：纪录中的所有作者都奖杯显示出来。相关：列出相关内容，如文章、蛋白质、核苷酸等（列出的文章不以摘要格式显示）。文章题目：英语以外的语种的题目将被翻译成英语，并且加上括号。来源：提供文献所在期刊名的缩写，出版时间，卷，页数，也包括语种（针对非英语文献），出版类型。没有摘要的文献将显示“No abstract avilaible”标识数字：提供PubMed标示（PMID）与MEDLINE唯一标识（UI）。简报格式（ Brief）显示的条目内容包括作者姓名、文献名的前10个字母、PubMed唯一标识。摘要格式（Abstract）将会显示以下几项内容：文献题目、作者、第一作者单位（地址）、期刊来源（期刊名简写、出版日期、卷、页数）、如果必要加上标注、出版类型、非英语文章加上标注、摘要、备注、PubMed与MEDLINE的唯一标识。图例格式（Legend）：显示文献出处、名称、作者、第一作者单位（地址）、摘要、PubMed与MEDLINE的唯一标识。引证格式（Citation）提供如下信息：文献出处、文献题目、作者、第一作者单位（地址）、如果必要加上标注、出版类型、摘要、红体显示题目中的错误字串、备注、MeSH词、人名作为主题、（如果存在）化学物质、（如果存在）巨大数字、PubMed与MEDLINE的唯一标识。MEDLINE格式（MEDLINE） 用两字符的形式显示MEDLINE纪录中所有的内容，使用这种格式可以把记录下载到管理书目的软件程序。查询概要（Retrieval Summary）查询概要显示了查到所有条目的数量，以及需要多少页来显示，缺省情况下20条/页。Show后的下拉式菜单可以选择相应得每页显示的条目数。Page选择页数，PubMed根据你的选择而显示不同页的内容，所选中的页数以红色显示，单击〉〉或〈〈显示其他页码。详细内容（Details）单击Details按钮可以显示你正在进行的查询方案，包括查询词、MeSH表映射与PubMed词语索引的映射；错误信息，比如禁用词、截断警告、错误拼写等；在编辑框中可以编辑一个新的查询方案，然后重新提交；在这里还可以保存查询方案。你可以在Details的对话框中修改查询方案，然后点击“Search”按钮进行新的查询。Result下的数字是查询结果，并且可以链接到现今的查询结果。PubMed实际上是一个更大数据库PubRef的子集，PubMed的查询一般不包括PubRef中的条目，除非你在编辑框中将“AND notpubref”删除。在Details中保存一个查询方案：单击URL按钮，PubMed将返回到查询结果窗口，经过修改的查询方案将显示在对话框中，并且查询方案也被嵌入URL中，然后使用你的浏览器的书签功能将现在的URL保存成一个书签，保存后，可以编辑书签功能将此书签改为比较容易记忆的名字，使用方法与其他的书签相同。定期查找功能 如果你想每隔一段时间进行一次同样的查询，以找到最新的文献，可以这样作：第一步如保存查询方案，通过选择书签的方式重新运行查询方案，然后，在Limit中的Entrezdate下拉菜单将时间限定在搜索范围。加入剪切板（Add to clipboard）剪切板可以帮你保存察看你在一个或多个查询里所查到的内容；剪切板中最大的保存数目是500条；如果你连续在PubMed或其他Enterz数据库中不进行任何操作达1小时，剪切板中的内容将会消失。要将条目加入剪切板，先将所需要的条目前的复选框选中，然后单击“Add to clipboard”按钮，一旦你将一条内容加入剪切板，纪录数字的颜色将会改变。保存（Save）功能是保存查询到的条目。如须保存所有的查询结果，先在Display下的下拉菜单中选择所需显示格式，单级“Save”按钮。如果要保存特定的条目，现在条目前的复选框选中，点击“Save”按钮。最大的保存的数量是5000，如果你想保存超过这个书目的内容，PubMed将显示一条提示你修改查询的信息。文本（Text）使用文本功能可以将条目以纯文本的方式重新显示，把那些Web与HTML的内容去除，当看完纯文本的内容后，按浏览器的“Back”回到以前的Web页面。你可以使用此功能将PubMed侧框与按钮除掉，在用打印机打印。纯文本版本将会显示你所选中的条目的内容，如果没有选中任何条目，所有的条目内容都江北显示出来。定购（Order）通过一些中间商得到文献的全文。练习题：找出与Shingles、facial paralysis 有关的文献，用包括摘要与MeSH词的方式显示。找出与hypertension nosebleed有关的文献，在一页中显示所有查到的结果。参考答案（可能会有不同）特征栏特征栏可以选择一些其他的功能Limit 单击特征栏上的Limit显示Limit页，这里你可以设定：将搜索范围设定在一个特定的域。将搜索范围设定在特定的年龄组、性别组、人类或动物学范围。也可以将搜索限定在某一语种出版的或某一特定的文章类型（如综述）。设定只搜索包含摘要的文献。设定搜索Entrez数据库或Publication数据库。设定搜索范围为PubMed数据库的某一子数据库（如Abridged Index Medicus 或AIDS相关的条目）。下面将逐一进行介绍：Field Selection（域选择）你可以把搜索词限定在一个特定的域，缺省设置是所有的域；打开下拉菜单选择你所需的域名。Only items with abstract（只搜索包含摘要的条目）如果将这个复选框选中，将只搜索包含摘要的文献。Publication Type（出版类型）其后的下拉菜单是常用的出版类型列表。Language（语言）将近40种语言列在此菜单里，都是在搜索时经常用到的。Age（年龄）选择人类学研究的年龄组。Gender（性别）在此下拉菜单选择人类学研究的性别组。Human or Animal（人类或动物）在此下拉菜单选择研究对象。Subset（子集）你可以将自己的搜索限制在下列4个组中的一个。条目处理阶段Publisher：出版商发送来的原样PreMEDLINE：正要往MEDLINE中加入的纪录MEDLINE：所有MeSH表索引的纪录主题词过滤AIDS：NLM‘Saids数据库期刊组AIM：Abridged Index Medicus（120种英文期刊）Dental：牙医学期看的子集Nursing：护理学期刊的子集PubRef：这是一项将搜索词范围扩大的服务，选择此项将会搜索更广范围的科学期刊（如物理、天文等）而不是限定在PubMed中，这个选项也可以帮用户搜索到出版商网址上的文献全文。Date(日期) PubMed 中包括自1966年来出版的文献，新条目周二到周四加入。在PubMed中有两种日期表示方式：Entrez日期是条目最初被加入PubMed的日期，Publication（出版）日期是文献出版时的日期。PubMed已Entrez日期顺序来显示你的查询结果的，最新被加入的纪录第一个被显示出来。Limiting by Date（日期限定）使用Entrez下拉式菜单，可以把你的搜索范围设定在30天到10年，出版日期下拉菜单有Publication Date 与Entrez Date两项，以确定使用那种日期记法来设定搜索范围。使用From、To框输入一个时间段；以YYYY/MM/DD的格式输入日期（月和日可不填）Limit Indicator Limit旁边的复选框如果处于选中状态则表示限定条件生效，如果开始搜索，生效的限定条件将会以黄色框Display按钮的上面。注意再进行其他搜索前将Limit前的复选框去掉，以消除限定条件。Preview/Index（预览/索引）使用特征栏的Preview/Index可以做到：在显示条目之前显示所查到的文献数。随时通过增加查询单词来修改查询方案。在特定的搜索域中向方案里加入查询词。从Index中查看并选择词语来修改查询方案。在你修改查询时查看方案。下面将详细加以介绍：Preview(预览)使用此功能可以在显示条目之前显示所查到的文献数。在输入框中键入搜索词，然后单击Preview，PubMed返回的信息是条目的数量。通过增加一个或多个单词来修改查询方案。向查询框中加入另一个词语点击Preview，你可以继续向框中加入多个词语，点击Preview直到你希望得到的内容,当修改查询时可以看到搜索方案与查询结果的数量。Preview显示的是历史记录中最近的三条记录，使用History可以看到最近100次的查询结果。History中的Clear History按纽也可以清除Preview/Index中的内容。向下滚动Preview/Index找到“Add to Query or View Index”部分，使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中加入词语，单击Preview，向查询框中加入词语并且可以看到查询结果。现在我们向查询框中加入MeSH词Nurse，使用下拉菜单确定一个搜索域，向文本框中填加一个词，单击Preview，你可以一直这样加入单词，单击Preview，直到完成你的搜索方案。Preriew自动使用“AND”运算符来将单词合为一体，即要求同时查询包含两个词的文献。使用布尔运算符按纽。使用布尔运算符将你要查找的词语连接起来，OR代表的是要查找的文献包括第一个搜索词或第二个词，NOT为“否”，包括第一个搜索词而不包括第二个词的文献。每加入一个搜索词都要点击Preview来列出搜索结果的数量。查询举例让我们查找一下有关碳水化合物(Carbohydrate)或大豆(Soybeans)对骨质疏松症影响的文献。使用下拉菜单确定一个搜索域 ，向文本框中加入一个词语，单击AND按纽，我们可以预览结果或者接续向文本框中填加搜索词，我们想找到有关Soybeans的文献，继续往下作，使用下拉菜单选择一个搜索域，向文本框中加入Soybeans，单击Preview来查看搜索结果Index（索引）中选择搜索词使用索引按钮可以从特定域中选择以索引的单词，并把他们加入查询方案之中。Index（索引）中你可以查看某一个特定搜索域中词语列表。在这里也可以使用布尔运算符来建立一个查询方案。举例说明：我们在下拉菜单中选择MeSH Terms作为搜索域，键入搜索词Strikes，点击Index按钮，PubMed以字母序显示所选定搜索域中相关的词语，使用滚动条来上下移动列表。在单词右边的括号里显示的是包括此词语的文献的数量。使用Up、Down按钮按页上下翻动列表。对话框显示了搜索词与搜索域，Result显示了文献的数量。注意：Preview缺省是AND将查询词语连在一起的。你可以使用布尔运算符按自己的要求将他们结合起来，但你在使用布尔运算符将查询词语输入对话框以后，必须点击Preview才能看到查询结果。查询举例：将以Legilation and Jurispradence为副标题的Strikes Employs与以Satistics and numerical为副标题的Strikes Employs点击高亮显示，单击AND按钮将选择的查询词加入对话框，选择缺省的设置是以OR连接起来的。按住Ctrl键，可以在列表中连续选择多个查询词，当你所有需要的查询词都被高亮显示后，单击AND或OR将他们加入对话框，这时在PubMed的对话框中是这样的内容：“Strikes,employee/legislation and jurispredence” OR “Strikes,employee/statistics and numerical data””让我们使用Index再把这次搜索修改一下，我们想把搜索缩小到有关Nurse与已设内容范围，在输入框中键入Nurse后点击Index，在索引中选择Nurse并单击AND将其加入对话框中。点击Preview按钮查看查询结果的数量，对话框中显示的是搜索词、搜索域与布尔运算符。History（历史记录）历史记录中保存的是你所有的查询方案与查询结果，只有当你运行了一次查询之后，History中才有内容。History屏幕将会显示：你的查询方案、查询时间、查询到的文献数量。使用History（历史记录）你可以在查询方案中使用查询序数（the search Statement Number）,如#1、#2、#3等等。例子：#1 AND #2、#7 AND #14。如上个例子显示的，布尔运算符的字母必须大写。History的一些小知识：History内所能记录的最大查询数是100一旦查询数量超过100，PubMed会将最早的查询除去，加进最新的一次查询。如果两次查询内容相同，PubMed会将头一次的去除。注意：查询序数不能用在Detail中的保存到URL功能中，这是因为尽管查询方案被保存了，但你的History在你1小时没有动作后将会消失，这时你保存的方案中的查询序号也就会失效。点击 Clear History可以将History中的所有内容清除。Clipboard（剪切板）剪切板可以帮助你保存或查看在一个后多个查询中选择的条目，然后就可以打印、保存、订购剪切板中的内容了。将条目左边的复选框选中，单击”Add to clipboard”就可以将其加入剪切板中，一旦某条被加入，剪切板的记录号码将会改变颜色。剪切板使用的小知识如果你没有用复选框选择任何条目，而去点击Add to clipboard，PubMed将会向其中加入500个条目。剪切板中最大的储存数是500条。剪切板中的内容如果你一小时没有任何操作将会消失。使用剪切板 点击特征条上的Clipboard来观看剪切板中的内容，如果想删除剪切板中的某些项目，先将其左面的复选框选中，然后点击Remove from clipboard按钮；要想清空剪切板，不选任何条目，单击Remove from clipboard按钮保存剪切板中的内容，首先选择一种显示方式，选中你想要的条目（如果想保存所有的条目，则哪个也不选），点击Save按钮。Order（订购）在PubMed中查到的只是有关一篇文献的信息，而真正的文献全文是不提供的。PubMed的Order功能提供的就是通过一些中介机构来获得全文的服务，这项服务通常是收费的。

大家好，本周给大家分享的是一篇发表在nature plants上的关于 crispr-cas9技术诱导拟南芥同源染色体易位 的文章。 文章题目： CRISPR–Cas9-mediated induction of heritable chromosomal translocations in  Arabidopsis (CRISPR-Cas9 介导的拟南芥遗传染色体易位诱导) 期刊： Nature Plants影响因子： IF = 15.793; 发文单位： 德国卡尔斯鲁厄技术研究所,德国莱布尼茨植物遗传学和作物植物研究所(IPK)等单位。 摘要： CRISPR–Cas9技术主要应用于植物育种中，用于改善单或多性状的基因。此文献展示了这种技术也可以用于重组植物染色体。利用金黄色葡萄球菌的Cas9核酸酶，本文实验团队诱导了拟南芥异源染色体间Mbp范围内的相互易位，并观察到在没有经典的非同源端连接途径的情况下，易位频率大约提高了5倍。通过分子和细胞学分析，作者证实了拟南芥1号、2号染色体之间，1号、5号染色体之间的染色体臂交换是保守的和互作的。染色体易位的诱导可以模拟基因组的进化或有方向的修改染色体、固定或打破不同染色体性状之间的遗传联系。植物基因组的可控重组具有改变植物育种的潜力。 实验思路：        DSB的修复途径主要为以下两种，在植物中NHEJ是体细胞中普遍存在的修复途径。一次诱导多个DSB可以通过NHEJ连接不相关的断裂末端，导致基因组重排。因此在异源染色体上同时诱导两种DSB可能会导致相互易位的形成。 实验方案：        为了形成易位，实验使用来自金黄色葡萄球菌的Cas9核酸酶(SaCas9)诱导拟南芥1号染色体(Chr1)和Chr2上的两个dsb (TL1-2)。Cas9核酸酶的靶位点被设计为切于Chr1和Chr2长染色体臂末端0.5 Mbp的基因间区域(图1a)。为了确定CRISPR在体细胞中造成的易位频率事件，我们通过农杆菌介导的浸花方法对col0植株中的CRISPR构建物进行了转化，并选择生长两周后的植株为初代转化子。设置了6个生物重复，每个重复收集100株植物用于提取基因组DNA。使用带位点特异性引物的数字滴式PCR(ddPCR)对易位频率进行定量测量，连接位点附近序列的变化作为鉴定到易位的标志。实验检测到TL1-2在两个连接处的易位频率约为0.01%，表明使用CRISPR-Cas9确实可以实现染色体臂的相互交换。为了确定哪些修复途径参与了植物体细胞易位的形成，实验通过下一代测序(NGS)检查了连接位点的序列模式。序列显示在野生型背景下，约60%的事件显示无错连接，其余事件为小规模序列缺失。大多数情况下没有核苷酸丢失，最可能的原因是新连接为嵌合连接，与最初切割位点相反，不能再被Cas酶识别。这说明主要是cNHEJ通路导致了染色体易位的形成。同时还分析了在敲除cNHEJ关键酶KU70后易位的形成。结果显示，敲除KU70使易位频率增加了约5倍，接近0.05%。这说明在没有cNHEJ的情况下，aNHEJ能够有效地形成易位       实验通过遗传转化得到T0代初级转化子，T0代授粉自交得到T1代，T1代进行基因分型挑选出40个含易位事件的植株进行T2代植株种植培养。40个T2植株混样提取DNA进行基因分型筛选，另外同时进行单株的筛选。挑选具有易位事件的单株进行T3代种植培养。单株检测易位事件随后继续分离培养。c-e：半合子状态下的相互易位分离示意图。T2植株的染色体组分别有野生型(1和2)和嵌合型(J1和J2)拷贝(c);因此，它们的配子要么携带野生型单倍体染色体组，要么携带易位染色体组，要么携带缺乏部分遗传信息的两组染色体(用红色十字标记;d);在T3代中，如果所有4个配子都没有偏置转移到下一代，理论上可以产生16种基因型组合(e)。然而，一半(8)的受精事件会导致染色体不平衡(黄色)，两个细胞将失去遗传信息(红色)，只有六个组合(绿色)可以解释一个平衡的二倍体后代。在这六种平衡的基因型中，有四种是杂合子的易位，这意味着它们同时携带原染色体和重组后的染色体。两种基因型来自不平衡的配子组合(浅绿色)，两种来自平衡的配子组合(深绿色)。因此，如果不平衡的配子不能贡献后代，16个合子中只能产生4个存活的合子(1个纯合子野生型，2个杂合子易位和1个纯合子易位)，导致易位染色体的准孟德尔分离(1:2:1)。T2分析中，所有转化株系均检测到两个连接位均为阳性的植株，Col-0和ku70-1的易位频率分别为0.125%和0.5%。在得到的T3代中，每个T3株系筛选到40株，由于没有检测到不平衡的染色体组，观察到向平衡后代的转移。用χ2检验检验易位连接的拟孟德尔分离。       通过使用不同DNA探针，针对Chr1(红色)和Chr2(绿色)易位断点区域进行FISH，观察到了野生型和易位植株有丝分裂和自然延伸的粗线期染色体。遗传易位事件的两个连接位点J1(b)和J2(c)的测序结果显示在野生型背景的4个T4细胞株中，有3个细胞株在两个连结处均无错误连接，另一个细胞株在一个连结处有小的缺失。两者都分析了ku70-1背景下的易位事件在两个连接处的突变特征是aNHeJ修复。       相同的实验流程在Chr1和Chr5之间进行了易位诱导，野生背景下携带易位事件的40个T2株系中有一个单株为易位阳性，T3分析未检测到配子不平衡导致的基因型，10%的子代为纯合子易位。测序分析显示两个连接位点都有小的缺失。使用不同标记的探针对易位区域进行FISH，三次重复结果一致表现易位现象。a ，四个不同编辑位点上SaCas9的编辑效率    b ，Col-0在连接位点上的缺失多为中小缺失，而ku70突变体在两个连接位点上的缺失量较大。 c ，在野生型中，大多数连接是直接连接的，在连接位点没有任何突变诱导。在显示连接位点突变的reads中，大多数连接不使用MHs，只有少数连接使用MHs。相比之下，在ku70突变背景中几乎没有无错误的连接发生，在连接位点普遍的修复模式显示使用MHs连接。 d, e ，野生型和突变型中两个连接位点在序列水平上最常见的10个reads的详细表示。     为了证明没有序列信息丢失，在易位染色体上每100kb扩增出一个约2.5kb的典型扩增。图a。易位染色体部分PCR扩增产物的凝胶电泳图显示易位染色体每100KB就能检测到一条条带，表明易位形成过程中没有信息丢失。作为PCR对照，将未易位形成的野生型基因组DNA(阳性对照)和水(nTC=无模板对照，阴性对照)同时处理，并加载在不同的凝胶上。表型分析和育性分析(测量5个生物学独立样本的角果长度和种子数)显示易位植株和野生植株并无差别。d,e，育性分析是通过测量5个生物学独立样本(n=5)的角果长度和计数种子数进行的。Barplots显示平均值，errorbars为mean±s.d。对于两个携带TL1-2的分析品系，我们无法检测到任何差异。文章链接地址：