论文文献是用交叉引用嘛

必须要。必须交叉引用。参考文献使用交叉引用法可以使参考文献按顺序排版机是中间，突然更改参考文献的顺序，后续的顺序也会按照前面的变动依次自动进行调整。

是的，这是论文格式的基本要求。交叉引用是利用书目的编号插入正文作为索引，需要先生成尾注。所以说交叉引用和尾注本来的就不冲突，再怎么折腾都是利用Word内置功能插文献。相比使用文献软件，Word内置的功能插文献的好处是可以实现跳转(软件有的支持有的不支持)，坏处是麻烦，同时书目要靠自己写/找地方生成，况且这么生成的索引，是根据书目顺序来的，但是实际上应该反过来，即索引顺序决定书目编号。更何况，不通过文献管理软件而是直接从网上复制粘贴书目的话，那书目的质量绝对不会太高。