如何高效整理论文文献

一、对PDF文档添加标注使用新版的Adobe Reader或者Foxit Reader可以在PDF文档中添加附注内容，以Adobe Reader为例，点击工具栏上黄色的“添加附注”及“高亮文本”工具图标即可实现。下图中，先高亮一段文本，然后在黄色背底的高亮文本上点击右键，在右键菜单上选取“打开弹出式附注”项即可添加注解文本。这一功能有助于在阅读文献的时候留下附注痕迹，方便日后的回溯整理工作。下图的例子中我分别给文献标题和摘要部分添加了中文释义。所有的附注工作完成以后，按工具栏上的保存按钮即可连同所有附注内容一并保存在原始PDF文档中。二、用思维导图组织文献1．构建文献导图思维导图（Mind Mapping）是一种图像式思维的工具与及一种利用图像式思考辅助工具来表达思维的工具。使用一个中央关键词或想法引起形象化的构造和分类的想法; 它用一个中央关键词或想法以辐射线形连接所有的代表字词、想法、任务或其它关联项目的图解方式，利用不同的方式去表现人们的想法，如引题式，可见形象化式，建构系统式和分类式，普遍地用作在研究、组织、解决问题和政策制定中。一个思维导图有着中心话题并有沿伸开来的子话题的图标，像一棵树一样，其视觉结构使得很多人的学习更加高效。本文介绍一款专门为研究者设计的思维导图工具Docear（官方读音：dog-ear），其前身是SciPlore MindMapping。Docear是开源软件，可供免费下载，支持Windows、Linux和Mac OS用以图形化的方式对文献进行可视化管理，软件详细操作指南参见用户手册页。Docear可以监视一个文件夹内的新文件。利用这个特点我们可以将所有的PDF 文件在思维导图中列表。无论何时在网上发现一个新的PDF 并存储到硬盘上，就会立即显示到既有的思维导图中。安装完毕以后，选取“文件”菜单的“新建”项开始建立新的思维导图。点击画面中央的“新建思维导图”，在鼠标右键菜单中选取“Monitoring”—“add monitoring folder”，即弹出“Save Map”窗口，为新建思维导图设定文件名并保存后，弹出“Choose a directory with PDF Files”对话框，选择存放文献的文件夹即可。下图所示为思维导图的折叠（Alt + Page Up）到最后一级分支，直接对应我的子文件夹名。展开（Alt + Page Down）所有节点以后，画面会表现为一张很大的图表。从下图中可以看到，第二级节点对应的是文献文件名，而第三级节点因PDF文档的结构不同有所区别，某些PDF文档的内部结构（标题、作者、段落以及图注等）也能被展开。注意下图中的中文部分是我在上文中添加的PDF附注，这意味着我们阅读文献的过程中在PDF文档中添加的重要附注能够全部包含在Docear所生成的思维导图中。 2．重新组织文献组织结构鼠标点击导图中心位置的“新建思维导图”，按键盘上的“Insert”键即可插入新的节点，本例中将新节点命名为“早期预警”，然后通过右键菜单的剪切、复制、粘贴等功能将原先位于其他节点下的文献移动到新建的“早期预警”节点下。通过这一操作，研究者可以自如地重新建立文献的组织结构，同一篇文献可以出现在两个不同方式（或主题）组织方式的节点下，比如我们可以通过文献的内容、类型、重要性、已阅未阅等等分类方式组织自己的文献结构，比起用文件夹方式组织的文献的方式具有不可比拟的优越性。3．其他功能如果你在文献阅读中添加了新的附注内容，也可以导入到现有的思维导图之中，在导图中点击对应文献的节点，在右键菜单中选取“PDF”—“Import new annotations”即可完成操作。在文献节点的右键菜单上选取“Edit note in dialog”即可在弹出的小窗口中为该文献添加注释，该注释仅保存在思维导图中而非PDF文档中，添加的注释在思维导图中具有悬停效果。三、获取文献引用信息在撰写论文或者项目申请书的时候，都需要注明引用文献的来源出处，假如平时工作中没有做好整理索引那将会是一件让人沮丧的事情。本文介绍的方法是在检索下载文献的同时，自动完成文献引用信息的获取和整理工作。用到基于Firefox浏览器的免费软件Zotero，Zotero作为Firefox的插件，在进行联机文献检索的时候协助完成文献相关的作者、摘要、期刊、会议、卷、页、日期等信息的自动获取。Zotero支持列表中所有联机文献数据库，另外还可以在Amazon上直接获取书籍的相关信息，这个页面以视频片段的形式罗列了Zotero的操作要点，帮助用户快速掌握其操作要点。1．软件安装首先需要下载安装Firefox，my favorite web browser！完成以后运行Firefox，在Firefox的地址栏输入Zotero的下载地址，在打开的页面中点击“Zotero 3.0.3 for Firefox”，Firefox会自动执行安装过程。安装完成以后Firefox的右下角会出现Zotero图标。2．软件使用用Firefox打开文献检索页面，如下图所示为IEEE Xplore，检索工作与一般的操作并无二致，通过关键词筛选感兴趣的文章条目，然后打开目标文献详细信息页面准备下载PDF文档。注意这是浏览器地址栏的右侧会出现一个白色的类似文档条目的小图标，如下图所示，位于红色线框中央，绿色小伞图标的左侧，将鼠标移动到这个白色小图标上面会出现“保存到Zotero”的提示。点击这个白色图标，稍过片刻浏览器右下角会出现“保存条目…”的提示框，这意味着包括摘要在内的本篇文献的相关信息已经采集到Zotero中了。点击Firefox浏览器右下角的“Zotero”图标会在浏览器下方打开Zotero的窗口，里面罗列了已经收集好的所有文献信息条目。另外也可以选择下载安装Zotero Standalone版本，这时Zotero将独立于Firefox运行。3．导出文献引用这是Zotero最精彩的部分。用Ctrl+鼠标左键在Zotero主窗口列表中多选需要导出的文献，在右键菜单中选取“由所选条目生成文献目录…”，这时会弹出一个小窗口，在“引文样式”中选择“IEEE”，在输出格式中选择“复制到剪贴板”，如何“OK”返回。这时我们将剪贴板上的内容复制到包括记事本、Word在内的任意文本编辑工作中，稍作整理，就能得到符合IEEE发表规范的标准文献引用信息。4. 不足目前Zotero对国内的中文文献数据库支持得不好，对“中国知网”的支持不完整，存在缺漏数据的问题。而叫人可气的是“维普”本身居然不支持Firefox，所有Zotero也就免谈了。四、Zotero与Docear协同工作将Zotero获取的文献信息导入Docear，使文献的基本信息成为Docear中文献节点的属性，以便研究者只需打开文献思维导图，就可以获取包括摘要在内的文献全面信息。首先在Zotero主窗口中选定需要导出到Docear中文献列表，选取“File”—“导出库…”，即弹出“导出…”窗口。在“格式”下拉框中选择“BibTeX”，勾选“导出笔记”，“OK”后要求输入导出的BibTeX文件的保存路径，此时建议将路径设为“用户路径\docear_workspace\_data\profiles\default”（这个路径是Docear安装时由用户设置的数据目录），保存的文件名为docear.bib，这一步操作其实是用Zotero导出的文献引用数据替换了Docear的默认文献引用数据。这时Docear右侧的“Reference”窗口会提示“The file ‘docear.bib’ has been modified externally!”，点击“Review Changes”按钮，在弹出的窗口中点击“OK”即完成文献相关信息的导入操作。将Docear右侧“Reference”窗口的文献信息拖动到思维导图中对应的文献节点上就可以实现关联（如下图所）示，文献相关信息作为文献节点的属性而存在，并跟随文献所有的剪切、复制、粘贴的操作。五、后记鸣谢上海大学计算机学院陈怡海副教授对博主的大力支持。这篇文字只涉及了Docear和Zotero这两款软件比较重要的功能，加之博主水平有限，疏漏在所难免，感兴趣的读者可以从软件官网获取详尽的操作指南。另外这两款软件本身也在不断完善之中，希望更多用户的反馈能帮助软件开发者创作更好的作品，同时对他们的无私奉献表示感谢。最后希望这篇小文能对博硕士研究生以及科研工作者有切实的助益。本文原创，如需转载请保留原博客地址，谢谢。六、本文涉及的软件列表Dropbox （网络存储与数据同步）Adobe Reader （PDF文档阅读）Foxit Reader （PDF文档阅读）Docear （文献组织与整理）Firefox （网页浏览器）Zotero （获取文献信息）

在撰写SCI论文时，不少作者喜欢在引言中一口气把所有相关的文献都罗列出来，认为这就叫文献梳理。但是，把所有相关文献罗列出来肯定会占据了论文的篇幅，会导致宣兵夺主的论文结构。       文献罗列太多，正文就要腾出篇幅来，结果正文想写下去但发现篇幅越拉越长而不敢深入下去了。这种文献梳理方法是最不可取的。正确的文献梳理方法是： 其一，选择有代表性的文献，即在权威刊物上发表的论文和权威论着，这些论文论着代表了学术发展的基本状况。不能把那些不入流的刊物上的文章都罗列出来。 其二，选择有代表性的作者的论文，也就是权威学者，或者是活跃在学术界的作者的论文、论着。这些论文论着同样也代表了学术发展的基本态势。 其三，选择研究的视角来梳理文献。也会是结合你要研究的视角特别是具体的问题来梳理文献，这样范围就大大缩小，也有利于作者把握文献。       其四，不一定千篇一律地要在引言中进行文献梳理，引言可以对问题的来龙去脉进行适当阐述，在正文撰写的过程中，可以对具体的观点进行文献追述。这种方法要求作者对学术史特别是前人的学术观点十分清楚，对论文的写作已经有娴熟的技术。这就不是一般的新手能够把握的了。        在文献的使用上，相当多的作者以为文章有注就是使用了文献。但是，论文究竟使用了什么文献?还有就是所用文献是否与所引用观点具有一致性。在使用文献上有以下几种错误倾向：        1、为文献而文献，也即是在文献上凑数。用一大堆文献来吓唬读者，显示作者是看阅读了大量文献的，但仔细看后，会发现文献与论文的观点关联度不高。实际上就是假文献。一般的审读者可能不会认真看文献，但作为编者，特别是主编第一眼就是要把我好文献关，决不能让作者在文献上鱼目混珠。        2、文献与所引用的观点属于张冠李戴，引用的观点本来是张三的，但作者因有惰性不愿意去查对，只是在二手文献中看到了李四用了该观点，于是就以为这个观点就是李四的。这种情况非常严重。        3、绝大多数是自引文献，完全回避其他学者的研究。这种情形体现作者的是自傲，以为这个问题没有人超过自己，因此不愿意引用他人的观点。甚至为了突出自己，把自己在非常不起眼的刊物、报纸上发表的小文章都自引出来。这种情形表明作者有沽名钓誉之心。        因此，使用文献是不能有任何投机取巧的方法上的，必须老老实实。使用文献体现了一个学者治学是否严谨，研究是否下功夫。因此，使用文献时：        1、切忌文献堆砌，使用文献的价值在于体现论文的研究深度和严谨性，而不是通过堆砌文献了炫耀自己的专业知识多么广博。如果是这样，结果可能是适得其反。        2、切勿张冠李戴，一定要去查找文献的源头，如果是经典着作的文献，就更加需要去阅读和查对。        3、切勿用网络文献、报纸文献。学术的浮躁与否，学术的严谨与否，从文献的使用上一看就清清楚楚。如果通篇文章的文献都是网络文献或者是报纸文献，这样的论文无论如何都是不深入的。        4、切勿想当然地使用文献，包括弄错出版时间、引用内容错误、页码错误、作者和译者错误等。这些会导致论文出现严重的硬伤。