生信文章套路一样查重

有粉丝问道：有没有5分以上的纯生信友好期刊推荐呢？我们回答：有的，不过要看你文章的创新性。结果一看ta的标题和摘要，发现是烂大街的分析套路，这样的文章已经在 plos one 上找到好几篇了，这样的文章还能有什么创新性可说的，该发的都被抢先发了。 根本没有任何优势，哪来的勇气发5分+SCI? 现在的纯生信行情：烂大街的纯生信满天飞，1到3分的水刊都不太愿意接收，更何况是5分以上的期刊。纯生信要想发5分以上的期刊， 需要增加自己的优势，要么做别人没有做过的热点套路，成为第一个吃螃蟹的人，要么补实验，做到人无我有的境界 。 不过，有些粉丝并没有清楚认识到现在的纯生信行情，坚信自己做的分析套路可以发5分+SCI，非常有耐心地投稿。 结果被七八本5+SCI期刊秒拒了 ，差不多一年时间已经过去了，文章连送审的机会都没有，离发表还差十万八千里。 懂纯生信行情的人都知道， 纯生信拖得越久就越难发表 ，因为纯生信更新是非常快的，新的热点不断出来， 期刊都是喜新厌旧的 ，最后可能连低分的水刊都看不上一年之前的烂大街分析套路。 烂大街的纯生信文章被高估是一件非常可怕的事情。 除了浪费时间之外，还会对纯生信失去信心，脑海一直浮现出纯生信被秒拒的情景。 要想发好一点的期刊，就要制造多一点优势，要么利用创新打败别人，要么利用补实验打败别人 。 烂大街的纯生信分析套路唯一的优点就是容易模仿，免费的资源多，但是不容易发表。当然，这个也不是绝对的，有可能烂大街的纯生信分析套路可以发CNS呢，有信心的人可以去尝试一下CNS。

说起国自然研究新宠儿 “m6A甲基化修饰” ，想必大家都不陌生，m6A甲基化是包括mRNA和ncRNA（即非编码RNA，包括miRNA，rRNA，circRNA和lncRNA等）在内的所有RNA最普遍的表观遗传修饰。越来越多的证据表明，m6A甲基化修饰在各种生理和病理过程中都起着至关重要的作用。今天就向大家分享一篇发表在Molecular Cancer（IF：15.302）杂志上的关于m6A与ncRNA在癌症中相互作用的综述文章。 Part 1.初识m6A甲基化真面目 m6A，又称N6-甲基腺苷，指腺嘌呤的第6位氮原子（N）发生了甲基化修饰，通过甲基化酶复合物对甲基进行“书写”(Writer)、“擦除”(Eraser)或“阅读”(Reader)，进而对RNA发挥调控作用。 m6A甲基化的分子组成 —甲基化酶复合物 1)  甲基化转移酶(methyltransferase)：被称为“编码器”(Writer)，主要包括METTL3、METTL14、WTAP、KIAA1429、METL16、RBM15 / 15B等； 2) 去甲基化酶(demethylase)：被称为“消码器”(Eraser)，主要包括FTO、ALKBH5等； 3)  m6A识别因子(recognition factors): 被称为“读码器”(Reader)，主要包括YTHDC1/2、YTHDF1/2/3、HNRNP、eIF3、IGF2BP1 / 2/3等。 图1.m6A甲基化修饰示意图：m6A甲基化是一个动态可逆的过程，由“Writer”、“Eraser”、“Reader”三者共同完成。 Part 2.m6A甲基化修饰miRNA miRNA的失调参与多种生物学行为，如小鼠胎儿发育，免疫应答，炎症反应和致癌等，研究表明，m6A甲基化可以修饰参与多种miRNA的成熟，参与该过程的主要是甲基化转移酶METTL3和METTL14等： ① METTL3促进miR-25-3p成熟，miR-25-3p在胰腺导管腺癌（PDAC）中起关键作用； ② METTL3增强pri-miR-221 / 222与DGCR8的结合，而DGCR8参与了膀胱癌的增殖； ③ METTL3促进pri-miR-1246的成熟从而促进结直肠癌（CRC）的转移； ④ METTL3加速miR-143-3p的成熟，导致METTL3 / miR-143-3p / vasohibin-1轴的形成，有利于肺癌的转移； ⑤ METTL3通过修饰多个miRNA（miR-106b，miR-18a / b，miR-3607，miR-423，miR-30a，miR-320b/d /e）影响砷诱导的癌变； ⑥ METTL14促进pri-miR-126的成熟，从而可以抑制肝癌（HCC）的侵袭和转移。 图2. m6A甲基化修饰miRNA：调节胰腺导管腺癌，肺癌，肝癌，膀胱癌和结直肠癌等癌症的发生和转移 Part 3.m6A甲基化修饰lncRNA lncRNA一般指长度大于 200 个核苷酸的非编码 RNA，可在癌症中被m6A甲基化修饰，参与该过程的主要是甲基化转移酶METTL3、METTL14，去甲基化酶ALKBH5，m6A识别因子YTHDF1、IGF2BP2等： ① MALAT1是首个被发现与肺癌相关的lncRNA，METTL3可以调节MALAT1-miR-1914-3p-YAP轴来诱导非小细胞肺癌的耐药和转移，还可以通过MALAT1/miR-145/FAK途径加重梗阻性肾病的肾纤维化； ② METTL3上调LINC00958，并使miR-3619-5p海绵化而促进HCC细胞的迁移和侵袭； ③ METTL3家族成员FAM225A充当海绵miR-590-3p / miR-1275的ceRNA和上调ITGB3来促进鼻咽癌（NPC）的发生和转移； ④ METTL3/14通过上调DKK1的lncRNA激活调节剂（LNCAROD）来增强头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的迁移； ⑤ METTL3介导lncRNA RP11通过Zeb1的上调增强CRC迁移和侵袭，而 METTL14增加lncRNA XIST的m6A水平，抑制CRC的增殖和转移； ⑥ ALKBH5通过维持FOXM1表达和细胞增殖程序来维持胶质母细胞瘤类干细胞（GSCs）的致瘤性，lncRNA FOXM1-AS可促进ALKBH5与FOXM1之间的相互作用； ⑦ ALKBH5通过减少lncRNA NEAT1的甲基化来促进胃癌（GC）的侵袭和转移。 ⑧ YTHDF1与LINC00278相互作用可抑制食管鳞状细胞癌（ESCC）转移，而ALKBH5则促进ESCC转移； ⑨ IGF2BP2作为m6A读取器调节LncRNA DANCR，有利于胰腺癌的致癌性。 图3. m6A甲基化修饰lncRNA：参与多种癌症的肿瘤发生和转移，包括GSC，HNSCC，NPC，ESCC，肺癌，GC，HCC，胰腺癌和CRC Part 4. m6A甲基化修饰circRNA circRNA一般指环状RNA。环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子（在活体中有时也有表达），也是RNA领域最新的研究热点。 circRNA在蛋白质翻译中起着至关重要的作用： METTL3和YTHDC1与环状RNA锌指蛋白609（circ-ZNF609）的代谢有关，并促进其生成，circ-ZNF609促进蛋白翻译和成肌细胞增殖；核糖体-circRNAs的“迷你基因”可以促进果蝇头部的蛋白翻译； m6A甲基化会影响cricRNAs的蛋白质翻译： m6A基序在circRNA中富集，单个m6A位点被认为是启动circRNA翻译的触发器。m6A调控因子METTL3/14、FTO、YTHDF3和起始因子eIF4G2参与了m6A驱动的蛋白翻译。哺乳动物细胞可以识别circRNAs上的m6A修饰，通过抑制免疫基因激活和佐剂活性来抑制先天免疫。 circRNA的失调与多种癌症进展相关： circNSUN2的m6A甲基化修饰可促进细胞质输出并稳定HMGA2，从而促进结直肠肝转移；circPVRL3的m6A甲基化修饰可促进胃癌细胞的增殖和迁移。 表1：m6A甲基化修饰癌症中的ncRNAPart 5. ncRNA调节癌症中的m6A甲基化 非编码RNA（ncRNA）具有影响涉及多个生物学过程m6A水平的能力。 miRNA调节癌症中的m 6 A甲基化： ① miR-33a通过靶向METTL3 mRNA抑制NSCLC细胞的增殖； ② miR-600抑制METTL3的表达并逆转了METTL3对NSCLC进展的积极作用； ③ miRNA let-7g通过靶向3'UTR下调METTL3表达，加速乳腺癌细胞的增殖； ④ miR-1266通过直接靶向FTO促进CRC的发生和发展； ⑤ miR-145通过靶向YTHDF2来抑制HCC的增殖； ⑥ miR-488是一种通过靶向eIF3a发挥作用的抑癌miRNA，还参与NSCLC细胞中eIF3a介导的顺铂耐药性； ⑦ miR-141通过形成miR-141 / IGF2BP2 / P13K / Akt轴来抑制胰腺癌的增殖。 lncRNAs调节癌症中的m 6 A甲基 化 ： ① lncRNA LINC00470与METTL3相互作用促进PTEN mRNA降解，从而促进GC进程； ② lncRNA miR503HG通过调节肝细胞癌中的HNRNPA2B1 /NF-κB途径来抑制肿瘤转移； ③ lncRNA LINC01234与HNRNPA2B1相互作用，促进NSCLC中的细胞增殖并抑制细胞凋亡； ④ lncRNA LIN28B-AS1与IGF2BP1相互作用，促进肺腺癌（LUAD）的增殖和转移； ⑤ lncRNA LINRIS可稳定IGF2BP2并促进CRC增殖； ⑥ lncRNA GAS5-AS1与ALKBH5相互作用调节GAS5的表达抑制子宫颈癌（CC）细胞的增殖，迁移和侵袭； ⑦ lncRNA GAS5可以抑制YAP介导的YTHDF3，从而抑制CRC的增殖； ⑧ lncRNA GATA3-AS增强KIAA1429和GATA3 pre-mRNA之间的相互作用，促进肝癌的进展。 表2：ncRNA调节癌症中的m6A甲基化Part 6. m6A甲基化在癌症中的临床应用 m6A甲基化是癌症诊断和预后的新生物标记 ① METTL3，YTHDC2和HNRNPC用于预测HNSCC患者的预后； ② METTL3/FTO上调或YTHDF2和METTL14下调可能预示GC、CRC和HCC的生存率较差； ③ METTL14低表达与肿瘤分化、临床分期、微血管浸润有关； ④ ALKBH5或FTO下调预示肺癌和HCC预后不佳； ⑤ IGF2BP2被认为是胰腺癌，食管胃交界腺癌和CRC的预后标记物。 m6A甲基化参与耐药性和癌症治疗 ① METTL3稳定YAP和ARHGAP5，诱导NSCLC和胃癌顺铂耐药； ② HNRNPA2B1在他莫昔芬耐药乳腺癌中过表达，降低他莫昔芬的敏感性； ③ METTL3、METTL14、FTO、YTHDF2在急性髓性白血病（AML）中过表达，FTO抑制剂（FB23）及其衍生物（FB23-2）通过靶向FTO促进AML中的髓样分化和凋亡； ④ m6A甲基化参与胃癌的肿瘤微环境和TME浸润特征评估； ⑤ YTHDF2与炎症浸润，血管重建和远处转移相关，并预示肝癌的不良预后。 生信人往期也有很多有关m6A的好文章可学习：m6A+免疫浸润 m6A+突变思路 m6A调节因子泛癌分析 结语 越来越多的研究关注于m6A甲基化如何改变ncRNA的稳定性、剪接和翻译，或ncRNA如何在癌症中调控m6A。m6A甲基化与ncRNA的相互作用可影响肿瘤细胞增殖、侵袭和转移等不同的生命活动。就m6A甲基化的临床应用而言，可作为癌症诊断、预后和治疗的潜在靶点。然而，m6A甲基化与ncRNA之间的特异性结合位点还需要进一步研究。 无论是对于正在为写标书申基金发愁的老师们，还是正在为毕业课题发愁的研究生们来说，相信这篇综述都能够帮助你更好的理解m6A甲基化与ncRNA之间的相互作用，为你的课题添光加彩，感兴趣的小伙伴们赶快阅读起来吧！