截至2014年7月，学校有1个国家工程研究中心，1个国家级科技合作基地，7个省级工程技术研究中心，18个省部级重点实验室。 独立机构：大连海事大学国际海事公约研究中心、航运发展研究院、航海训练与研究中心、航海教育研究所 国家级重点实验室：海湾生态国际科技合作基地、船舶导航系统国家工程研究中心 省部级重点实验室： 辽宁省船舶安全与污染控制工程技术研究中心、辽宁省船用集成电路片上系统SOC设计工程技术研究中心、辽宁省船舶节能环保工程技术研究中心、辽宁省公路工程重点实验室、辽宁省交通与重大装备物联网工程技术研究中心、辽宁省轮机监控与仿真工程技术研究中心、辽宁省船用小型燃气轮机技术重点实验室、辽宁沿海开放与经济发展研究基地、辽宁省马克思主义中国化研究中心、辽宁省船舶机电一体化重点实验室、大学英语教学研究基地、辽宁省船舶污染监测与检测的信息化技术重点实验室、轮机科学与运用工程辽宁省高校重点实验室、港航机电控制工程辽宁省高校重点实验室、辽宁省船舶自动化工程重点实验室、辽宁省船舶装备维修工程技术研究中心、辽宁省环境系统生物学重点实验室、辽宁省国际海事法律研究中心、辽宁省物流航运管理系统工程重点实验室、辽宁省交通安全与通信技术重点实验室、交通装备先进制造与控制技术辽宁省高校重点实验室、交通信息工程辽宁省高校重点实验室、辽宁省高气压强电场电离放电重点实验室 、强电离放电单分子工程辽宁省高校重点实验室、船机修造工程交通运输行业重点实验室、辽宁省船机修造工程重点实验室、航海动态仿真与控制交通运输行业重点实验室、辽宁省镀铁工程技术研究中心 截至2013年，海大图书馆有馆藏文献209.05万收藏单位，其中中文图书172.44万册、外文图书22.23万册、期刊合订本10.38万册、缩微资料4万余件；年订购报刊1017种（其中中文报刊820种，外文报刊197种）。 学术期刊《大连海事大学理科学报》、《大连海事大学文科学报》、《航海教育研究》、《世界海运》。
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