根据上述职责,省水利厅设14个内设机构和机关党委、离退休人员工作处。(一)办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转和综合协调工作;承担政务信息、政务公开、保密、宣传、信访、政务督查工作;负责厅机关财务及行政后勤工作;协调水利突发事件应急管理工作。(二)人事处。负责厅机关和直属单位的人事劳资、机构编制管理和教育培训工作;负责水利体制改革的有关工作。(三)政策法规处。起草水利地方性法规、规章草案并监督实施,研究拟定水利工作政策;指导水利行政许可工作并监督检查;指导水政监察和水行政执法,协调监督渔政执法;协调市际重大水事纠纷;承担机关有关规范性文件的合法性审核工作;承办行政复议、行政应诉、行政赔偿及其他法律事务。(四)规划计划处。拟定全省水利发展规划,组织编制省内流域重大水利综合规划、专业规划和专项规划;提出全省水利固定资产投资规模和方向建议;审核全省大中型水利建设项目建议书、可行性研究报告;按规定权限,负责水利固定资产投资有关项目初步设计文件审批;负责省内水利工程建设项目合规性审查工作;编制全省水利基本建设项目投资计划;承担水利综合统计。(五)水资源处(省节约用水办公室)。组织实施全省水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度;组织全省水资源调查、评价和监测工作;指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施;组织编制全省水资源保护规划;指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发的工作;审定水域纳污能力,提出限制排污总量的意见;指导全省计划用水和节约用水工作。(六)财务处。编制省级水利部门预决算;承担省级水利资金和直属单位国有资产的监督管理及内部审计工作,依照有关法律法规负责全省水利规费征收;承担机关财务管理,指导直属单位的财务管理工作;提出有关水利价格、收费、信贷的建议。(七)基本建设处(安全生产办公室)。负责大型水利工程及跨市的重点水利工程建设管理与安全生产工作;指导水利基本建设工程建设管理;指导水利建设市场的监督管理;指导水利行业安全生产工作。(八)水利管理处。编制全省水库工程改造规划;指导编制全省河流治理、开发及保护规划;负责省直大型水库工程安全运行和建设管理;指导全省水库工程安全运行和建设管理;指导全省河流行洪安全和治理、开发;负责省管河流治理、开发及保护利用;审定入河排污口设置。(九)农村水利处。提出全省农村水利发展规划及政策建议;负责大中型灌溉工程建设和管理;指导小型灌溉工程建设与管理;指导农村水利社会化服务体系建设。(十)供水排水处。编制全省农村饮水安全发展规划;组织实施农村饮水安全工程建设及管理工作,拟定有关规范、标准和规章制度;研究提出乡(镇)供水、排水和农村饮水政策;负责大型农村饮水供水工程设计审批工作。(十一)水土保持局。组织编制水土保持规划并监督实施,承担水土流失综合防治工作;负责开展水土保持监督执法工作;审核大型开发建设项目水土保持方案并监督实施,负责中小型开发建设项目水土保持方案的审批;组织水土流失监测、预报并公告。(十二)科技与外事处。编制全省水利科学技术发展规划;组织贯彻水利行业技术标准、规程、规范并监督实施;组织实施水利科学技术研究、技术引进和科技推广;组织水利科技成果鉴定;组织指导节水技术示范应用;承办水利外事工作,组织水利行业对外经济、技术合作与交流。(十三)渔业局(省渔政监督管理局、省渔船渔港监督检验局)。研究拟定全省渔业发展规划、技术进步措施、政策;对有关渔业法律、法规实施执法监督;指导全省渔业生产结构和布局调整;指导渔业资源、渔业水域生态环境的保护和管理,并负责水生野生动植物管理;行使渔船检验和渔政、渔港监督管理权;组织协调渔业生产、科研、技术推广、水产品质量安全检测工作。(十四)稽察处。组织开展对全省水利基本建设项目进行稽察、监督;受理工程建设举报,组织对水利建设项目违规违纪事件的调查;负责稽察专家库的建立和日常管理;发布稽察信息。机关党委负责厅机关和直属单位的党群工作。离退休人员工作处负责厅机关离退休人员管理服务工作,指导直属单位离退休人员管理服务工作。纪检监察机构按晋办发〔2005〕17号文执行(行政编制5名已划转省纪委统一管理)。