《中国东南土著民族历史与文化的考古学观察》，厦门大学出版社1999年版。《闽越国都城考古研究》，吴春明、林果著，厦门大学出版社1998年版。2000年福建省第四届优秀社会科学成果三等奖。《环中国海沉船》，江西高校出版社2003年。2005年福建省第六届优秀社会科学成果三等奖。《透视中国东南——经济文化的整合研究》，陈支平等主编，执笔第二编《汉越合韵：东南文化的社会基础》，“十五国家重点图书”，厦门大学出版社2003年。2004年度“中国图书奖”、2005年福建省第六届优秀社会科学成果一等奖。《海洋考古学》，科学出版社2007年版，2009年福建省第八届社会科学优秀成果三等奖。《从百越土著到南岛海洋文化》， “北京大学震旦古代文明研究中心丛书第二十七”，文物出版社2012年出版。《福建连江定海湾沉船考古》，赵嘉斌、吴春明主编，科学出版社2011年，2011年度中国文化遗产“十佳”图书，2013年福建省第十届社会科学优秀成果二等奖。《林惠祥文集》三卷，蒋炳钊、吴春明主编，厦门大学出版社2011年。《武夷山崖上聚落》，吴春明、佟珊主编，厦门大学出版社2012年。《海洋遗产与考古》，吴春明主编，科学出版社2012年版。《冶城历史与福州城市考古论文选》，吴春明、林果执行主编，海风出版社1999年。《东南考古研究》第一辑，吴绵吉、吴春明主编，厦门大学出版社1996年。《东南考古研究》第二辑，邓聪、吴春明主编，厦门大学出版社1999年。《东南考古研究》第三辑，邓聪、吴春明主编，厦门大学出版社2003年。《东南考古研究》第四辑，邓聪、吴春明主编，厦门大学出版社2010年。《百越研究》第一辑，容小宁、吴春明主编，广西科技出版社2007年版；《百越研究》第二辑，陆勤毅、吴春明主编，北京师范大学出版集团2011年。《百越研究》第三辑，张一平、吴春明、丘刚主编，暨南大学出版社2012年。
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