论文中的脚注不会查重的，查重主要是针对论文的正文部分。
很多网站都可以做论文查重，但是学校一般只认可权威的知网查重。知网查重的算法一般会检测论文的目录，可以分章检测。然后就会检测论文的摘要以及正文等内容的重复度。
根据权威网站的查重算法，可以知道系统是没有检测图片和公式。一方面这些资料计算机不好进行比对，另一方面论文侧重于文字的检测。这对大多数学生来说是个好消息。
扩展资料：
1、反抄袭软件检测到13个相同的字，就以为是相似，所以连续相似的，不要超过13个字；
2、尽量用同义词代替，例如：损坏=毁坏；渠道=途径；原理=根本思绪；不可见=躲藏；优点特别突出=优势尽显无疑。
3、改动句子的主动语态，比方：数字水印为多媒体数据文件在认证、防伪、防窜改、保证数据平安和完好性等方面提供了有效的技术手腕。=在多媒体制品的认证、防伪、防修改和传送平安以及完好性保证方面，能够采用数字水印的检测作为有力的检测手腕。
参考资料来源：百度百科-查重
郑小包允在
