著作:1、《中国移民史》第五卷《明时期》,福建人民出版社1997年版。2、《中国移民史》第六卷《清 民国时期》,福建人民出版社1997年版。3、《中国人口史》第四卷《明时期》,复旦大学出版社2000年版。4、《中国人口史》第五卷《清时期》,复旦大学出版社2001年版。论文:1、《明清时期的流民与赣南山区的开发》,《中国农史》1985年第4期,第19-40页。2、《明清时期的流民与赣北山区的开发》,《中国农史》1986年第2期,12-37页。3、《明代初年长江流域的人口迁移》,《中华文史论丛》第四十七辑,上海古籍出版社1991年版,第69-99页。4、《湖南人由来新考》,《历史地理》第九辑,上海人民出版社1991年版,第114-129页。5、《明清时期移民氏族的人口增长——长江中下游地区族谱分析之一》,《中国经济史研究》,1991年第4期,第77-90页。6、《对明代人口总数的新认识》(葛剑雄、曹树基),《中国史研究》1995年第1期,第33-44页。7、《洪武时期河北地区的人口迁移》,《中国农史》1995年第3期,第12-27页。8、《洪武时期鲁西南地区的人口迁移》,《中国社会经济史研究》1995年第4期,第16-26页。9、《永乐年间河北地区的人口迁移》,《中国农史》1996年第3期,第33-52页。10、《洪武时期山东三府地区的人口迁移》,《中国社会经济史研究》1996年第4期,第18-30页。11、《清代前期浙江山区的客家移民》,《客家学研究》第四辑,《历史教学问题》杂志社出版,1997年,第1-13页。12、《太平天国战前的中国人口》,《中国经济史研究》1997年第2期,第32-41页。13、《洪武时期凤阳府的人口迁移》,《安徽史学》1997年第3期,第14-21页。14、《是学术创新,还是低水平的资料编纂?——评杨子慧主编〈中国历代人口资料研究〉》(葛剑雄、曹树基),《历史研究》1998年第1期,第154-166页。15、《太平天国战争对苏南人口的影响》,《历史研究》1998年第2期,第39-47页。16、《洪武时期东南地区府县治城市人口研究》,《中国经济史研究》1999年第1期,第19-33页。17、《国家对人民的控制——以洪武时期的户口调查为例》,《历史地理》第15辑,上海人民出版社,1999年,第94-104页。18、《论明代的人口增长率》,《中国学术》第3辑,商务印书馆2000年版,第205-236页。19、《太平天国战争对浙江人口的影响》(曹树基、李玉尚),《复旦学报》,2000年第5期,33-44页。20、《清代前期“丁”的实质》(曹树基、刘仁团),《中国史研究》,2000年第4期。21、《清代中期的云南人口》,《历史地理》第十七辑,上海人民出版社2001年版,第240-258页。22、《清代中期的江西人口》,《南昌大学学报》2001年第2期,第128-140页。23、《清代北方城市人口研究——兼与施坚雅商榷》,《中国人口科学》2001年第4期,第15-28页。24、《清代江苏城市人口研究》,《杭州师范大学学报》2002年第4期,第50-56页。25、《马尔萨斯理论与清代以来的中国人口——对美国学者近年来相关研究的批评》(曹树基、陈意新),《历史研究》2002年第1期,第41-54页。26、《清代中期的四川人口——以1812年数据为中心》,《中国经济史研究》,2003年第1期,第92-105页。27、《尊重中国人口史的真实——对〈摘掉人口决定论的光环〉一文之回应》(陈意新、曹树基),《学术界》2003年第3期,第116-132页。28、《清中叶以来的江南市镇人口———以吴江县为例》(游欢孙、曹树基),《中国经济史研究》2006年第3期,第124-134页。29、《洪武大移民:来自湖南浏阳的新例证》,《江西师范大学学报》2010年第5期,第140-147页。 著作:1、《鼠疫:战争与和平——1320-1960年中国的环境与社会变迁》(曹树基、李玉尚),山东画报出版社,2006年版。2、《田祖有神:明清以来的自然灾害及其社会应对机制》,曹树基主编,上海交通大学出版社,2007年版。论文:1、《地理环境与宋元时代的传染病》,《历史地理》第十二辑,上海人民出版社1995年版,第183-192.2、《鼠疫流行与华北社会的变迁(1580-1644年)》,《历史研究》1997年第1期,17-32页。3、《鼠疫流行对近代中国的影响》(曹树基、李玉尚),《自然灾害与中国社会历史结构》(论文集),复旦大学出版社2001年版,第133-167页。4、《18-19世纪的鼠疫流行与云南社会的变迁》(第二作者),《灾害与中国社会历史结构》(论文集),复旦大学出版社2001年版,第168-209页。5、《咸同年间的鼠疫流行对云南人口的影响》,(李玉尚、曹树基),《清史研究》2001年第2期,第19-32页。6、《历史时期中国的鼠疫自然疫源地》(曹树基、李玉尚)《中国经济史上的天人关系》,农业出版社2002年版,第94-116页。7、《清代云南昆明的鼠疫流行》(李玉尚、曹树基),《中华医史杂志》,2003年第2期,第67-71页。8、《光绪年间云南鼠疫的流行模式——以市镇和村庄为基础的研究》,中山大学历史人类学研究所、香港科技大学人文学部主编:《历史人类学学刊》第一辑, 香港科技大学出版,2003年,第132-152页。9、《历史时期的传染病流行与社会应对——中国与西方的比较》,收入燕爽主编:《SARS与社会的现代化》,上海人民出版社2004年版。10、《历史时期的鼠疫流行模式与社会变迁》,收入谢遐龄等主编:《SARS、全球化与中国》,上海人民出版社2004年版。11、《鼠疫大流行中的广州、香港与上海——以申报为中心》,《上海交通大学学报》2005年第4期,第72-81页。12、《国家与地方的公共卫生——以1918年山西肺鼠疫流行为中心》,《中国社会科学》2006年第1期,第178-190页。 著作:1、《石仓契约》第一辑第1-8册,(曹树基、潘星辉、阙龙兴编),杭州:浙江大学出版社2011年。论文:1、《〈禾谱〉及其作者研究》,《中国农史》1984年3期,84-91页。2、《〈禾谱〉校释》,《中国农史》1985年第3期,74-84页。3、《玉米番薯传入中国路线新探》,《中国社会经济史研究》1988年第4期,62-66页。4、《清代玉米、番薯分布的地理特征》,《历史地理研究》第二辑,复旦大学出版社1990年版,第287-303页。5、《闽粤赣三省毗邻地区的社会变动与客家形成》,《历史地理》第14辑,上海人民出版社,1998年,第123-125页。6、《对明代初年田土数的新认识——兼论边卫所辖民籍人口》,《历史研究》 1996年第1期,第147-160页。7、《清代台湾拓垦过程中的股份制经营——兼论中国农业资本主义萌芽理论的不成立》,《中国社会科学》1998年第2期,127-141页。8、《中国村落研究的东西方对话——评王铭铭〈社区的历程〉》,《中国社会科学》1999年第1期,第119-133页。9、《清代中后期浙南山区的土地典当——基于松阳县石仓村当田契的研究》(曹树基、李霏霁),《历史研究》2008年第4期,第40-54页。10、《清至民国山东东部玉米、番薯的分布——兼论新进作物与原作物的竞争》(王保宁、曹树基),《中国历史地理论丛》2009年第4期,第37-48页。11、《石仓地契的发现、收集与整理——来自浙南山区一个客家村庄的报告》,《客家学刊》(创刊号),2009年6月,第146-172页。12、《“残缺产权”之转让:石仓“退契”研究》(曹树基、李楠、龚启圣),《历史研究》2010年第3期,第118-131页。13、《送户票与收粮字:土地买卖的中间过程——以浙江松阳石仓为中心》(曹树基、高扬),《华东师范大学学报》(哲社版)2010年第4期,第28-36页。14、《从石仓土地执照看花户内涵的衍变与本质》(单丽、曹树基),《社会科学》2010年第8期,第119-129页。15、《石仓冶铁业中所见清代浙南乡村工业与市场》(曹树基、蒋勤),《中央研究院历史语言研究所集刊》,第八十一本,第四分,第833-888页。 著作:1、《大饥荒:1959-1961年的中国人口》,香港国际时代出版有限公司,2005年版。论文:1、《乡镇自治中的国家意识形态——以嘉兴县1946年乡镇职员政治试卷为中心》,《社会学研究》2002年第2期,第98-110页。2、《1958-1962年四川省人口死亡研究》,《中国人口科学》2004年第1期,第57-67页。3、《1959-1961年中国的人口死亡(3250万)及其成因》,《中国人口科学》2005年第1期,第14-28页。4、《1959-1961年广西十县人口数据的“加工”》(孙琦、曹树基),《中国人口科学》2007年第2期,第75-86页。5、《两种“田面田”与浙江的“二五”减租》,《历史研究》2007年第2期,第108-121页。6、《土地分种:雇佣、合作还是出租——以南汇县土改档案为中心》,《上海交通大学学报》2007年第2期。《中国社会科学文摘》2007年第5期,第5-18页。7、《苏南地区“田面田”的性质》,《清华大学学报》2007年第6期,第59-71页。8、《土地耕作与“田面权”之争——以抗战胜利后嘉善县的佃权纠纷为中心》,(孙琦、曹树基),《上海交通大学学报》,2008年第2期,第82-88页。9、《国家形象的塑造——以1950年代的国家话语为中心》,《上海交通大学学报》2008年第3期,第16-26页。10、《划分“右”派:以桐柏县档案为基础的研究》(曹树基、李楠),《学术界》2010年第1期,第180-194页。11、《两种“田面田”与苏南的土地改革》,谢国兴主编:《改革与改造——冷战初期两岸的粮食、土地与工商业变革》,中央研究院近代史研究所,2010年7月,第97-132页。12、《新中国成立初期土地改革中“工商业兼地主”的政治身份认定》(刘诗古、曹树基),《中共党史研究》2011年第2期,第66-75页。 1、《中国社会人类学研究的新突破——评张乐天〈人民公社制度研究〉》,《中国社会科学》1998年第4期,第203-206页。2、《以人为本的农业历史地理学——评萧正洪〈地理环境与技术选择〉》,《清史研究》2000年第3期,122-124页。3、《评包伟民主编〈江南市镇及其在近代的命运〉》,《中国学术》第4辑,商务印书馆2000年版。4、《历史语言的文化阐释——评陈建华〈现代革命话语考论〉》,香港《二十一世纪》2001年第3期,第153-156页。5、《学术研究与学术评审制度——评王铭铭〈闽台三村五论〉》,《文汇报》1998年11月13日。6、《也谈清代台湾的土地开垦、社会组织和经济形态——答周翔鹤先生》,《台湾研究集刊》2001年第1期,71-77页。7.《经济史学的方法论:描述与分析——评〈中国经济通史·清代卷〉》,《中国经济史研究》,2001年第3期,第137-146页。8、 «Les normes scientifiques : Un grand débat dans le monde universitaire chinois», Revue Bibliographique de Sinoligie ( Review of Bibliography in Sinology), 2002.《学术规范:中国学术大论争》,《汉学年鉴,2002年》,法国巴黎高等社会科学研究院(EHESS)出版社,2003年版,第65-84页。9、《评冯筱才:〈在商言商:政治变局中的江浙商人〉》,《中国学术》2005年第2期,第270-273页。