截至2014年4月，学校有5个自治区重点实验室，2个自治区工程研究中心（实验室），1个自治区工程技术中心。学校还有内蒙古蒙医药博物馆、内蒙古自治区卫生政策研究所、心血管研究所、骨科研究所等研究机构。自治区重点实验室（5个）：中蒙药重点实验室、自治区医学细胞生物学重点实验室、自治区分子病理学重点实验室、自治区分子生物学重点实验室、自治区分子影像学重点实验室 自治区工程研究中心（实验室）（2个）：有新药筛选工程研究中心、动物脏器高值化利用生物活性肽工程实验室 自治区工程技术中心（1个）：分子与功能影像工程技术研究中心 图书馆 截至2014年4月，图书馆总建筑面积22500平方米。有新华校区和金山校区两个馆，其中，金山校区图书馆建筑面积17274.41平方米，为全校主馆，全面系统收藏各类书籍资源；新华校区图书馆建筑面积5448.9平方米。 截至2014年4月，图书馆有馆藏文献总量137万册 ，其中纸质文献86.5万册，电子图书34.75万册，收藏甘珠尔经（103卷）和丹珠尔经（213卷）等珍贵文献10575册。 学术期刊 《内蒙古医科大学学报》是由内蒙古医科大学主管主办的医药卫生综合性学术期刊，于1959年创刊，系双月刊，国内外公开发行。 《内蒙古医科大学学报》为中国科技论文统计源期刊(中国科技论文核心期刊)（2008、2010、2011版科技论文统计源期刊目录期刊），曾获Caj-cd规范获奖期刊奖，并被《中国科学引文数据库》、《中文生物医学期刊数据库》、《中国学术期刊（光盘版）数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、 《中文科技期刊数据库》、《中文科技资料目录》、《全国报刊索引》、《中国药学文摘》和《中国医学文摘》（7个分册）等国内外大型数据库收录。 《内蒙古医科大学学报》主要刊载基础医学、临床医学、民族医药学、中医中药学、预防医学等领域的最新研究成果、进展及科研动态。开辟有论著（基础医学、临床医学、预防医学）、蒙医药论坛、技术与方法、经验交流、短篇、综述等栏目。
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