在取得重大成绩的同时,我国渔业仍存在许多深层次的结构性矛盾,主要表现在:(1)从水域保护和资源开发结构看,水域环境恶化、资源衰退现象日趋严重。由于工业和生活污水大量排放,以及突发性污染事故、工程建设项目对鱼类栖息地的严重破坏,再加上养殖生产高密度,自身污染严重,致使渔业水域生态环境受到严重污染和损害,天然渔业资源和养殖业都面临威胁,特别是污染破坏了部分经济鱼类的近岸产卵场和养殖水域,使鱼类繁殖能力严重下降,加剧了渔业资源的衰退。(2)从水产品养殖结构看,养殖品种单一,结构雷同,养殖方式落后,新的优良品种少,名特优产品的养殖比例低,病害和污染严重。(3)从海洋捕捞结构看,国内捕捞渔船增长的势头还没有得到有效的控制,海洋渔业资源保护的难度很大,以开发公海渔业资源为主的大洋性渔业比重还很小。随着国际海洋制度的建立和《国际海洋法公约》的实施,中日、中韩渔业协定的签字生效,我国传统的作业渔场将减小。随着国际石油价格的持续上涨,国内市场的石油价格随之上扬,使渔业成本大幅上升。另外,国内与国际渔产品价格过低,导致了海洋捕捞经济效益走低。(4)从水产品加工和流通结构看,加工企业规模小、生产设备老化,保鲜、加工技术落后等,严重制约了加工业的发展。加工、流通和相关产业发展相对滞后,初级产品多,加工产品少,粗加工产品多,精深加工和高附加值产品少,渔业比较效益下降,渔民增收难度增大。(5)从水产品供给结构看,由于水产品养殖品种不合理,名优品种比例很小,产业化水平低,不适应国内外市场的需求变化,主要产区不同程度地出现了区域性、结构性的产品过剩和价格下跌等问题。(6)从渔政管理和市场流通结构看,我国的渔政管理在实际执法工作中,由于经济利益驱动,往往是“分级管理有余,统一领导不足”。