区别较大，两者所使用的查重系统不一样。
知网查重所使用的是知网内部查重系统，包括本科、硕博、期刊等查重系统，而万方检测系统虽然也包括本科、硕博、期刊等查重系统，但是两者的查重系统库是略有差别的。
知网系统库所收录的文献内容会和万方所收录的不同，但是即使不一样，用户也可以根据自己的需求选择知网或者万方系统进行论文查重。
知网查重包括：论文正文、原创说明、摘要、图标及公式说明、参考文献、附录、实验研究成果、结语、引言、专利、文献、注释，以及各种表格。
查重原理：
知网查重是按照连续出现13个字符类似就会判为重复的标准计算论文重复率。如果学生抄袭了他人论文中的句子或者段落，知网查重系统在对其进行查重时，就会识别出重复部分，并计算到论文的总重复率之中。
因此建议学生在写作论文时不可出现抄袭等学术不端行为，防止因为出现过多重复部分从而使论文总重复率上升很多。
大多数高校在每年毕业季时，都会统一发通知说明学校的毕业论文规范和查重说明，学校会统一下发论文样式等内容，一般会详细说明查重的范围。要是学校有具体的要求，那提交到学校的时候必须按照学校所要求的来。
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