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北京中医药大学始建于1956年,前身为北京中医学院,是国务院批准最早创办的高等中医药院校。
1960年,被中央确定为全国重点高校;1993年,更名为北京中医药大学;1996年,入选国家“211工程”重点建设大学;
2000年,与北京针灸骨伤学院合并,组建新的北京中医药大学;2011年,入选国家“985工程优势学科创新平台”建设高校;
2017年,中医学、中西医结合、中药学3个学科入选国家“双一流”建设学科名单;2018年,成为教育部新一届高等学校中医学类、中西医结合类专业教学指导委员会主任委员单位。