如果是文科类专业，经常会有作业写一些短的论文，两千字以上的，通常看一看参考文献就可以了，作为期末成绩的其中一项。较大的论文差不多也就是毕业论文，需要做实验、问卷之类的。理科类专业我就不清楚了。
没听说过作业进档案
应该会影响的
研究生可以说比毕业论文（我认为是普通的四年制大学生）要更深入一些，讲到更多的是你所学的知识，从而得到了什么，了解了什么。而毕业论文，只是大家都普遍谢谢感想，学得如何，研究生论文可以说，更深奥一点。
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