根据中国科学院大学发布的论文查重工作通知，学位论文送审和答辩要求是查重通过，重复率≤15%，重复率不包含自我引用。
也就是说，在学生发表了这文章，这篇文章已经被查重检测系统收录，其著作权归该学生所有的情况下，通过论文查重检测系统进行论文检测，自己的文章是不会被算到重复率里面的。
通常论文查重检测报告主要是由这几部分构成：全文重复率、去除引用部分重复率和去除本人发表文献重复率。
所以，如果通过论文查重检测系统进行论文检测，自己的文章是不会被算到重复率里面的。
附：中国科学院大学2017年春季毕业学生毕业答辩及学位申请工作的主要环节及要求
一、学位论文送审要求：
1、学位论文须符合《中国科学院大学学位论文撰写要求》。
2、查重的重复率≤15%（不含自我引用）；论文word文件命名格式:学号-作者-论文题目-专业-导师，查重未能通过的论文，论文不参加送审，学生不能参加此次答辩。
3、实行双盲评审制度。硕士生每人送审3份，博士生每人送审5份。
参加盲审的论文应删掉论文中学生和导师姓名、作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果、致谢，保存为PDF版文件，文件命名格式：学号-作者-论文题目-专业-导师。
学生参加送审的论文须所有评阅意见均为“同意答辩”方可参加答辩。第一次送审不通过的论文，修改后再次送审仍不通过者，不能参加此次答辩。盲审未能通过的论文，将以邮件方式通知学生本人及导师。
送审时间为7-10天。
二、论文答辩主要环节：
1、论文查重通过，重复率≤15%（不含自我引用），可参考《中国知网学术不端检测系统论文格式规范论文解析格式规范》中国知网学术不端检测系统论文格式规范论文解析格式规范中国知网学术不端检测系统论文格式规范论文解析格式规范；
2、评阅意见返回，且均为“同意答辩”；
3、填写《毕业答辩资格审核表》；
4、熟悉《学院学位论文答辩程序》，并及时与导师和学院沟通；
5、填写《中国科学院大学研究生学位论文答辩申请书》和《中国科学院大学论文答辩情况和学位授予决议书》相关内容；
6、 其他要求请参见《国科大校部研究生毕业答辩工作条例》
三、学位申请主要环节：
1、 通过论文答辩并符合公管学院相关学科《学位论文答辩资格的科研成果要求》；
2、 按《学位申请材料明细》提交学位申请的相关纸版材料；
3、 其他要求请参见《国科大校部研究生学位申请工作条例》。
四、网上操作步骤参见《培养指导系统操作流程图》：
1、登录教育业务平台，点击“培养指导”，进入“论文”项；
2、从“培养计划”开始，点击“撰写计划”，填好后点击“请求指导”，选择导师后提交；导师用自己的用户名登陆进行审核，步骤基本相同；导师对学生提交的材料网上审核无误后提交；之后进入到学院审核的程序，由学院管理人员代表学院操作。
“开题报告”、“中期考核”、“答辩申请”及“学位申请”等项的操作步骤基本相同，不明之处及时沟通。
参考资料来源：中国科学院大学论文查重-中国知网
MrStoneLiu
