医院现有省肿瘤研究所、省医学情报所(卫生部医药卫生科技项目查新咨询单位)、《甘肃医药》编辑部、省肿瘤防办、省抗癌协会、省健康相关产品毒理检验机构、省止痛中心、省乳腺病诊治中心、省放射治疗研究中心、爱德甘肃流动医院、卫生专业考试甘肃考区兰州(西)考点办等省级机构。有医学生物技术中心、分析实验中心、药物研究所、实验动物中心等科研机构,其中内设的分子生物学实验室、中药分析实验室及中药药理实验室为国家中医药三级实验室,中药制剂和中药毒理室为国家中医药二级实验室。设有病床300张,临床、科研、医技和职能科室40余个。全院429人,其中专业人员352人,正高级12人,副高级54人。国务院特贴专家2人,人事部333人才2人,省级专家2人,省卫生厅中青年学术技术带头人12人,硕士7人,博士1人,院聘首席专家4人。