2003年10月获“云南大学伍达观教育基金第七届优秀教师奖”优秀奖 ;2003年11月,参与撰写论文《 new member of the familyNocardiopsaceae》被云南省科学技术协会评为云南省优秀科学论文红云奖一等奖;2004年分别被云南省教育厅评为“云南省高等学校教学、科研学术带头人”、云南省科技厅评为“云南省中青年学术和技术带头人后备人才”;2005年2月获得2004年度云南省自然科学奖一等奖“放线菌资源研究”(获奖人员排名:徐丽华,崔晓龙,李文均,李铭刚,文孟良,彭谦,徐平,张华,姜成林,刘志恒,张利平) ;2005年11月,第一作者撰写的论文《Yania halotoleransgen. nov., sp. nov., a novel member of the suborderMicrococcineaeisolated from saline soil in China》被云南省科学技术协会评为“第七届云南省优秀科学论文云锡奖一等奖”;2006年10月入选《微生物学报》新一届编辑委员会2007年3月,指导的张玉琴同学的硕士学位论文“盐环境下革兰氏阳性细菌的分离和系统分类学研究”荣获2007年度云南省优秀硕士论文;2007年10月,获得WFCC (The World Federationfor Culture Collections) Skerman Award for MicrobialTaxonomy (世界菌种保藏联合会为表彰在微生物分类领域做出杰出贡献的青年科学家而设立的以著名微生物分类学家教授来命名的奖项) ;2007年12月,获得云南省第五届科技红河奖; 2008年02月,作为第一作者撰写的论文《Proposal ofYaniaceaefam. nov. andYaniaflavasp. nov. and emendeddescription of the genusYania》被云南省科学技术协会评为“第八届云南省优秀科学论文云锡奖特等奖”;2008年10月,获第八届“云南省十大杰出青年”提名奖;2009年4月获得2008年度云南省自然科学奖一等奖“放线菌系统学研究”(获奖人员排名:李文均,张玉琴,唐蜀昆,职晓阳,姜怡,王永霞,田新朋,陈华红,赵立兴,段若玲,姜成林,徐丽华);2010年1月获得教育部自然科学奖二等奖“新疆青海高盐环境可培养嗜盐放线菌多样性研究”(获奖人员排名:李文均,唐蜀昆,崔晓龙,职晓阳,姜成林,徐丽华);2010年1月,撰写的论文“放线菌高级分类单元分类系统的更新及两个新亚目和四个新科的描述”荣获“第九届云南省优秀科技论文(云锡)奖”二等奖;2011年5月,获“云南省青年五四奖章” 提名奖 ;2011年3月,指导的吴晋元同学的硕士学位论文“云南黑井和江城盐矿沉积层土壤放线菌多样性研究”荣获2010年度云南省优秀硕士论文奖;2012年5月,指导的李岩同学的硕士学位论文“白色普氏菌YIM 90005T四氢嘧啶合成相关基因的克隆与分析”荣获2011年度云南省优秀硕士论文奖; 2012年10月,获“云南省有突出贡献优秀专业技术人才”(省突)称号;2012年12月,获云南大学2012年度“红云园丁奖”优秀教师奖 ;2013年04月,“云南部分药用植物内生菌资源及活性代谢产物的研究”获得“云南省自然科学三等奖”(获奖人:徐丽华、吴少华、李文均,排名第三);2013年,有两篇作为第一或通讯作者的学术论文入选ESI全球1%行列;2014年,入选广东省珠江学者特聘教授人才计划 。