微生物多样性的意义如下：
微生物作为生物圈中的分解者，可以将其他生物生产的有机物分解成水和二氧化碳，让有机物质回归自然。因此微生物被广泛运用于农业和工业方面，早在古时，人们就用微生物发酵来酿酒。
伴随着合成生物学技术的发展，微生物在环境保护、生物能源和医学领域有着重要的作用。此外，有部分微生物与人类共生，在皮肤、口腔和肠道等地方存在着大量的微生物群落，它们对于人类健康有着重要的意义。比如肠道菌群可以提供营养物质，抵抗病原体入侵。
当然，存在对人有益的微生物的同时也存在能使人患病的微生物。正如现在肆意全球的新冠病毒，这种微生物被称为病原微生物。然而，病原微生物也有利用价值，比如能产生神经毒素的肉毒杆菌，现在被运用于治疗斜视、痉挛等疾病。
对于保护微生物多样性的说法，暂时没有任何报道和机构提出。虽然很难说人类的行为会导致微生物的灭绝，但是人类活动总是在影响着微生物的群落。
在保护生物多样性方面，优先还是保护动植物多样性，因为在保护动植物多样性的同时也保护了微生物的生存环境。同时，还应当完善微生物的基因库和菌种库。微生物多样性还对于科研工作而言具有着重大意义，因此我们也应当重视和保护微生物的多样性。
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