截至2014年4月,该校建立的“新疆哈萨克文化与民族现代化研究中心”获批自治区首批普通高校人文社科重点研究基地,与南京大学共建的“凝聚态相变与微结构实验室”被评为自治区级重点实验室,“新疆碳化硅复合陶瓷工程技术研究中心”获批自治区工程技术研究中心。“天然产物化学与应用重点实验室”被评为自治区教育厅普通本科高校重点实验室 。另外还建有哈萨克文化研究所、中国锡伯族语言文化研究中心、应用数学研究所、凝聚态物理与材料设计研究所、资源与生态研究所、伊犁学研究中心、教育科学研究所等校级科研机构 。 截至2014年4月,该校在少数民族教育研究、哈萨克文化研究、基础数学研究和凝聚态物理研究等方面形成了一定的优势和特色 。2013年,该校共评出了2012年学术专著奖、学术论文奖73篇(部)。其中著作2部(专著一类、专著二类各1部),论文71篇。论文有20篇被中北大核心收录,12篇被CSSCI收录,8篇被CSSCI扩展版收录,3篇被EI收录,10篇被SCI收录,16篇被CSCD收录,1篇被SCIE收录,1篇被人大报刊复印资料全文转载 。2012年,该校共获得省部级以上科研项目立项69项。国家自然科学基金8项,其中地区科学基金项目5项,资助经费259万,专项基金项目2项(数学天元基金1项),资助经费18万;国家社科基金项目5项,其中一般项2项,资助经费30万,西部项目3项,资助经费45万;教育部人文社科一般项目3项,其中规划基金项目2项,资助经费18万,青年基金1项,资助经费7万;教育部人文社科新疆项目8项,其中规划基金项目5项,资助经费45万,青年基金项目2项,资助经费14万,高校思想政治工作项目1项,资助经费1万;教育部对口支援西部高校工作研究项目1项,资助经费万;自治区科技计划项目1项,资助经费40万;自治区自然科学基金项目1项,资助经费5万;自治区科技支撑项目1项,资助经费6万;自治区哲学社会科学研究规划基金项目6项,其中一般项目2项,资助经费6万,青年项目4项,资助经费12万;自治区高校科研计划项目6项,其中重点项目4项,资助经费12万,青年教师科研培育基金项目2项,资助经费4万 。 截至2012年3月,伊犁师范学院图书馆共有文献总量万册,生均文献册,其中纸本图书万册,生均册,电子图书万册。共享和可用数据库3个,年订各类中外文报刊2040种,与416所高等院校和学术机构建立了长期的资料交换关系,保存着80年代以来中国师范院校的学报。馆藏中有原苏联版哈萨克文《大百科全书》《哈萨克文学》等哈萨克族文化书籍以及《四库全书》《四明丛书》《二十四史》,《民国日报》(影印版)《东方杂志》以及新疆地方史研究资料。藏书以师范教育和少数民族语言文化、地方文献为主,涵盖中文、外语、法律、体育、艺术、数、理、化、计算机等多种学科 。