《西华师范大学学报》（自然科学版）创建于1980年2月，它的前身是南充师范学院主办的《科研资料汇编》，它主要刊登校内外师生及科研人员的研究成果。1980年经中共四川省委宣传部与四川省教委（川高教〔1980〕20号）批准改为《南充师范学院学报》（自然科学版）半年刊，限国内发行。1984年经四川省新闻出版局（川科管〔1984〕33号）批准《南充师范学院学报》（自然科学版）改为半年刊，国内外公开发行。1988年经四川省新闻出版局批准，《南充师范学院学报》（自然科学版）改为季刊，国内外公开发行，刊号为四川省期刊登记证：1182号；1989年由于学院更名为四川师范学院，该刊经四川省新闻出版局批准，更名为《四川师范学院学报》（自然科学版），季刊，国内外公开发行，国际标准刊号：ISSN1001－8220，国内统一刊号：CN51－1341/N；2003年9月，经教育部批准，学校更名为西华师范大学，由此，四川师范学院学报（自然科学版）经四川省新闻出版局报国家科技部与国家新闻出版总署批准，更名为《西华师范大学学报》（自然科学版），季刊，国内外公开发行，国际标准刊号：ISSN1001－8220；国内统一刊号：CN51－1341/N。2005年9月，经四川省新闻出版局批准，刊号更改为CN51－1699/N，国际标准刊号不变；2006年3月，经国家新闻出版总署批准，国际标准刊号更改为：ISSN1673－5072，国内统一刊号不变，至此，刊名、刊号一直沿用至今。
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